MOE 在统一的操作环境下能通过分子模拟、蛋白质结构分析、小分子数据处理以及蛋白质与小分子对接研究等应用工具全方位支持小分子药物及生物药设计。本期内容中,我们以MOE软件的对接为例,为大家分享分子对接的详细步骤以及在对接的基础上进行虚拟筛选的过程。 1.分子对接 ①配体准备 本例中配体分子由ChemDraw绘制2D结构...
我们首先需通过File打开一个蛋白三维结构,我们依然以Trk-A蛋白6PL1为例,打开蛋白后,依照上节的方法对蛋白进行预处理,然后需要先将该蛋白定义为受体,方便后续进行分子对接。 在工具浏览器中,点击Receptor-Ligand Interactions>Define and Edit Binding Site>Define Receptor,以上操作即可将蛋白分子6PL1定义为受体分子。 1...
计算化合物的分子指纹 01:20 对多个蛋白结构进行叠合 01:08 分子动力学篇 受体-配体复合物分子动力学模拟 05:02 分子对接篇 最快的分子对接-Libdock 03:23 LigandFit对接后构象分析 03:08 几何形状匹配的快速分子对接-LigandFit 04:34 定义受体活性位点 02:16 配体-受体体系处理 03:02 蛋白质结构...
本期微视频教程以软件自带实例为大家演示在Discovery Studio 中如何完成最快速分子对接操作。 建议关注微信公众号【叮当学术】查看对应图文教程~
Enclosing Box中设置对接盒子,与正常分子对接设置的方法相同,这里不再赘述。 我们这里选择对接盒子的中心坐标为-0.7,17.8,-5.13; 选择对接配体为使用LigPrep处理后的配体; 切换至Reaction Type选项卡; 由于PF-06651600是通过Michael受体丙烯酰胺与CYS909共价结合实现JAK3对JAK1、JAK2与TYK的靶标选择性; ...
北京生命科技研究院有限公司分子模拟对接软件系统采购招标公告 1.招标条件 北京生命科技研究院有限公司分子模拟对接软件系统采购已由相关部门批复,项目资金来源为自筹资金,出资比例为100%。招标人为北京生命科技研究院有限公司,招标代理机构为中祥工程咨询集团有限公司。项目已具备招标条件,现对该项目进行公开招标,欢迎潜...
经过受体与配体分子的准备后可以得到两种分子的PDBQT格式的文件等待进一步分子对接,分子对接在PyRx软件中调用Autodock Vina算法进行模拟对接. 1.导入:将20种配体分子导入PyRx软件的Ligands选项并全部选中;另外将已进行处理的4PYI酶导入Macromolecules选项并选中。 2。对接:将20种配体与4PYI受体选中后选择计算网格大小,参数...
二、分子对接 经过受体与配体分子的准备后可以得到两种分子的PDBQT格式的文件等待进一步分子对接,分子对接在PyRx软件中调用Autodock Vina算法进行模拟对接。1.导入:将20种配体分子导入PyRx软件的Ligands选项并全部选中;另外将已进行处理的4PYI酶导入Macromolecules选项并选中。2.对接:将20种配体与4PYI受体选中后选择计算...
目前使用的分子对接软件是autodock vina，也是因为有关淀粉-脂质间的分子模拟文章较少，对如何选择对应的...
分子对接模拟系统是由南京正函数生物科技有限公司著作的软件著作,该软件著作登记号为:2023SR1162685,属于分类,想要查询更多关于分子对接模拟系统著作的著作权信息就到天眼查官网!