DNA- RNA杂交分子，RNA-RNA双链结构均采取A构象．C构象：以 Li为反离子时在66%的相对湿度下测定出来的，双螺旋直径与B构象大体相同(19A)，而每圈螺旋的碱基对数为9K，尚无证据说明生物体内有c型DNA的存在。Z构象：Z-DNA的形成是DNA单链上出现嘌呤与嘧啶交替排列所成的。
构象是指分子在空间中的排列方式,包括原子之间的距离、角度和分子整体的形状等要素。构象可以分为平面构象、立体构象和多重构象等不同类型。 1.平面构象:分子中的原子在同一平面上排列,如脂肪族烃类分子。 2.立体构象:分子中原子在空间中形成不同的构象,如立体异构体。 3.多重构象:一些分子具有多个可能的构象,称...
所以,在本篇论文中,作者设计了一种方案(direct molecular conformation generation, 简记为DMCG)可以直接从2D分子图生成3D分子构象而不借助中间变量。 直接生成3D分子构象存在两个挑战:一是保持生成构象坐标的旋转平移不变性,二是对称原子的坐标的置换不变性。以图一中的分子为例进行说明。(1)如果任意旋转或者平移整个...
高分子构象指分子链内各原子在空间的几何排列方式。单键内旋转会使高分子产生众多不同的构象形态。构象具有瞬息万变的特点，处于不断转变中。分子热运动促使高分子构象持续发生改变。高分子的构象数受分子链长度等因素影响。柔顺性好的分子链能呈现出更多的构象。无规线团是高分子一种典型的构象状态。构象的变化会...
分子中不在环上、连接于非末端重原子（即，非氢原子）的单键，但不包括酰胺C-N键（因为它的能垒过高）。搜索算法 本方案提供3种计算模式，各有一定的适用范围：系统搜索（Systematic Search）可对构象空间进行穷举搜索，找到全局能量最低（最稳定）的构象。但该模式随着可旋转键个数呈指数增长，因此，仅支持可...
3、晶体和溶液中的构象 一根孤立的柔性高分子链在不受外力作用时自发趋于卷曲状态,其构象随分子热运动而无规 地变化,这种形态称为无规线团。 (1)在高分子溶液和非晶态高聚物固体与熔体中 理想柔性高分子链呈无规线团状 在极稀溶液<(c<0.01%)中,高分子线团各各分立在溶剂海洋中,彼此不贯穿;随溶液浓度的增高...
正丁烷(C4H10)的构象中,重叠式和交叉式构象都位于势能曲线上的局部极小值,因此采样几率较高。由于两种构型两端的甲基碳原子之间分别具有不同的距离,可以借助MedeA LAMMPS模块在分子动力学模拟的同时得到距离分布曲线,相比径向分布函数曲线更能具象展示正丁烷构象分布。
RDkit中最早的分子构建方法名为DG，虽然DG表现得很好，但生成的构象可能会扭曲芳香环和sp2中心，以及二面角值超出了实验晶体结构中观察到的范围，所以作者在之前ETKDG工作中进一步针对二面角进行了的优化。（还引入了一些规则性的约束来限制芳香环在同一平面内，增加sp2杂化的翻转情况，并且约束了三键体系的键角）图一：...
从分子图预测分子构象(或三维结构)是许多应用中的一个基本问题。大多数现有的方法通常分为两个步骤,首先预测原子之间的距离,然后通过优化距离几何问题生成三维结构。然而,用这种两阶段方法预测的构象可能无法保持真实原子的邻接关系,使得生成的结构不令人满意。在本文中,我们提出了一种基于条件变分自编码器 ConfVAE 的端...