4. 结构分析:结合其他结构性质(如氢键、二面角分布等)的分析,如果这些性质也显示出稳定状态,那么RMSD的平衡状态就更有说服力。 总的来说,RMSD的平衡标准需要综合考虑多个因素,并且需要根据具体的研究问题和系统特性来确定。理解并正确使用RMSD可以帮助我们更好地解析分子动力学模拟的结果,揭示分子行为的本质。©...
力场选择Molecular—PCFF,在计算热导率之前,需要对结构进行适量的分子动力学模拟,以使达到稳定状态。首先在NPT系宗下,设置压强为0.1MPa、温度为300K、运行200000个时间步长,之后再在NVE系综下运行200000个时间步长,时间步长为0.25fs。当模拟系统达到平衡状态后,就可以利用线性响应理论和涨落耗散定理进一步处理体系温度并...
它是分子动力学(Molecular Dynamics,MD)的一种特殊形式,它通过模拟分子之间的相互作用来计算温度、压力、能量等热力学性质。下面将对EMD的原理、应用和发展进行详细介绍。 一、原理 EMD是基于牛顿力学的,它通过模拟分子之间的相互作用来计算热力学性质。在EMD中,分子之间的相互作用力可以用势函数来描述,通常采用的是...
相互之间的作用力过大, 模拟时可能会导致蛋白质结构散掉甚至体系崩溃. 为避免此类问题, 可以先对蛋白质进行位置限制性模拟, 通过限制蛋白质中的重原子, 维持其结构. 等溶剂分子, 离子的位置调整好了之后再放开蛋白质分子的位置限制进行模拟.
近日,我们课题组通过比较近平衡分子动力学,非平衡分子动力学和声子玻尔兹曼输运方程计算得到的Tersoff势晶体硅的热导率尺寸效应曲线,阐明了AEMD中声子瞬态输运机理。在AEMD中,热导率的尺寸效应同样来源于声子的弹道输运,而AEMD和NEMD热导率尺寸效应的差别来源于平均自由程较长的声子对热导率的贡献比例不同。基于这个理解...
[3.6.1]--平衡态分子动力学模拟是【计算物理及其应用】湘潭大学丨含课件的第20集视频,该合集共计62集,视频收藏或关注UP主,及时了解更多相关视频内容。
可以说达到了平衡位置。而对于动力学来说，平衡态是一种热力学上平衡的状态，平衡相的前期显然没达到这...
可以说达到了平衡位置。而对于动力学来说，平衡态是一种热力学上平衡的状态，平衡相的前期显然没达到这...
分子动力学计算热导率的主流方法有两种，一种是平衡态分子动力学：运用涨落耗散的Green-Kubo公式计算，后面简称EMD。第二种是非平衡分子动力学方法：通过引入热源和冷源，在体系中形成温度梯度来计算热导率，后面简称NEMD。这两种方法各有优劣，但是一个核心问题在于，其背后的声子图像一直以来是不甚清晰的。本文主要...
在研究固态化学反应时,分子动力学模拟成为一种有效的工具来判断固相化学平衡状态。本文将介绍如何利用分子动力学模拟方法来判断固相化学平衡状态。 1.研究对象的选择 在进行分子动力学模拟实验之前,首先需要确定研究对象。可以选择一种或多种物质进行研究,通常选择具有常见结构和物理化学性质的化合物。研究对象的选择应该...