它是分子动力学(Molecular Dynamics,MD)的一种特殊形式,它通过模拟分子之间的相互作用来计算温度、压力、能量等热力学性质。下面将对EMD的原理、应用和发展进行详细介绍。 一、原理 EMD是基于牛顿力学的,它通过模拟分子之间的相互作用来计算热力学性质。在EMD中,分子之间的相互作用力可以用势函数来描述,通常采用的是...
平衡态分子动力学的关键是基于玻尔兹曼方程的分子动力学模拟。在这个模拟中,分子被视为一个具有质量、速度和位置的质点。分子之间的相互作用则通过势能函数来描述。这个势能函数通常基于分子之间的相互作用力和分子结构。 在平衡态分子动力学模拟中,化学反应被视为分子之间的相互作用。这些相互作用可以是化学键的形成和断裂...
力场选择Molecular—PCFF,在计算热导率之前,需要对结构进行适量的分子动力学模拟,以使达到稳定状态。首先在NPT系宗下,设置压强为0.1MPa、温度为300K、运行200000个时间步长,之后再在NVE系综下运行200000个时间步长,时间步长为0.25fs。当模拟系统达到平衡状态后,就可以利用线性响应理论和涨落耗散定理进一步处理体系温度并...
在高中化学中,都学过“化学平衡移动原理”即“勒夏特列原理”,其指化学平衡是动态平衡,如果改变影响平衡的一个要素,平衡就会向能够减弱这种改变的方向移动,以抗衡该改变。 此即为所谓的“稳态”,稳定状态很难改变,体系倾向于反抗外来因素对原始平衡的改变。在现实生活中,达到团体、国家的变革,小到个人的自身改变,...
4. 结构分析:结合其他结构性质(如氢键、二面角分布等)的分析,如果这些性质也显示出稳定状态,那么RMSD的平衡状态就更有说服力。 总的来说,RMSD的平衡标准需要综合考虑多个因素,并且需要根据具体的研究问题和系统特性来确定。理解并正确使用RMSD可以帮助我们更好地解析分子动力学模拟的结果,揭示分子行为的本质。©...
平衡分子动力学模拟研究
请教平衡分子动力学模拟和非平衡分子动力学模拟的区别网友 1 最佳答案 回答者:网友 分子动力学模拟是从经典力学出发,把系统看成为微观粒子的集合,通过研究微观状态下的粒子在不同系综的运动方程,计算体系的构型积分,并以构型积分的结果为基础进一步计算体系的热力学量,从而得到体系的宏观特报含密之他断零游路占河征...
通过能量平衡,我们可以确保模拟系统的能量在整个模拟过程中保持稳定,并且系统达到平衡态。本文将介绍如何使用LAMMPS软件进行分子动力学模拟中的能量平衡。 二、LAMMPS简介 LAMMPS(Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator)是一个用于分子动力学模拟的开源软件。它可以模拟原子、分子和大分子等系统的运动,...
线性响应系数的获得可以通过线性响应(linear response）这个近似来获得，具体的推导可以在一些涉及非平衡态...
第二种是非平衡分子动力学方法：通过引入热源和冷源，在体系中形成温度梯度来计算热导率，后面简称NEMD。这两种方法各有优劣，但是一个核心问题在于，其背后的声子图像一直以来是不甚清晰的。本文主要讨论NEMD。众所周知，如何建立非平衡对于计算结果影响极大。其中的主要问题包括：1．体系长度、热源长度、热源类型很大...