不同对接程序对蛋白靶点也有特异性,因此建议首选依赖于靶点的对接工具,比如ICM-Pro能以90%的准确率预测激酶的共价结合模式; 配体在形成共价键前后的构象变化也是需要考虑的重要方面,如果对接程序可以在反应后进行构象取样,可以更好地预测结构修饰比较大的配体。 总的来说,笔者个人的想法是目前并没有100%准确的共价对接程序,所以要针对
如果需要设置位置或氢键的限制性对接,可以切换至Constraints选项卡进行设置,此步骤也与常规分子对接的设置方法相同。 切换至Docking选项卡,选择对接模式; 共价对接有两种模式:姿势预测(Pose Prediction)(执行完整的协议以进行准确的姿势预测)和虚拟筛选(Virtual Screen),跳过费时的步骤,例如旋转取样和最小化,以筛选大量配体。
计算机辅助药物设计之薛定谔软件, 视频播放量 3610、弹幕量 0、点赞数 22、投硬币枚数 4、收藏人数 84、转发人数 4, 视频作者 xiaolu---, 作者简介 ,相关视频:网络药理学/分子对接分析,22.药物分子对接,用AutoDock分子对接全流程,CADD蛋白结构分析、虚拟筛选、分子对
sybyl或者DS能做共价对接吗 发自小木虫Android客户端
分子模拟软件Schrodinger教程分子对接篇:共价对接方法创建英国皇家学会的化学魔术师——波义耳 还记得气体达人小萨啵,以及他的盖·吕萨克定律。作为气体三定律“之首”——波义耳-马略特定律,又怎能被忽略呢?毕竟这是咱中学化学教程里躲不开的一大基础知识点呢~...
JCIM | 六种共价对接软件的基准测试 前言 在过去的二十年中,靶向共价抑制的研究备受关注,以加强药物的发现和设计,使得共价对接方法的发展也激增。共价抑制剂的典型特征是配体的亲电部分(弹头)和蛋白受体上的亲核残基(主要是半胱氨酸)之间形成化学键。共价抑制剂的反应类型有迈克尔加成、亲核加成,亲核取代反应,开环...
求共价结合分子对接软件？还在写，要是不急可以等等，scoring function robust太差了。
新手求助gold对接..有大神能教我一下gold共价对接怎么做吗?如图。我导入蛋白之后可以找到受体上我要对接的原子,但是因为配体是我后来添加的,怎么才能知道要对接的的原子序号呢?求大神解答。
图1. 对接数据集中配体的亲电部分(弹头)的分布 图片来源JCIM 六个对接程序的性能测评 共价对接方法首先以预测207个共价配合物中的实验结合模式(晶体结构中的状态)进行评估,预测精度用配体重原子的预测结构与晶体结构RMSD值表示,目前文献中的评判标准是RMSD<2 A。作者选择了最高得分(Top1)和前十名得分复合物(Top10...
CADD蛋白结构分析、虚拟筛选、分子对接(蛋白-蛋白、蛋白-多肽) 2180 0 34:36 App Autodock 分子对接教程--02.分子对接操作教程 2799 0 22:30 App pymol可视化教程 972 0 13:01 App Autodock 分子对接教程--03.pymol软件绘图 824 0 12:49 App pyMOL可视化Alphafold预测后的蛋白质互作结果 1188 0 12:51 ...