不同对接程序对蛋白靶点也有特异性,因此建议首选依赖于靶点的对接工具,比如ICM-Pro能以90%的准确率预测激酶的共价结合模式; 配体在形成共价键前后的构象变化也是需要考虑的重要方面,如果对接程序可以在反应后进行构象取样,可以更好地预测结构修饰比较大的配体。 总的来说,笔者个人的想法是目前并没有100%准确的共价对...
由于半胱氨酸靶向共价抑制剂(包括FDA批准的药物)的大量存在, György M. Keseru课题组从Protein Data Bank(1995-2018)中获得了54个靶标的207个半胱氨酸结合的高分辨(≤2.5Å)共价复合物的蛋白数据集,包含了 七种反应机制(图1)。并比较了六种共价对接程序AutoDock4, CovDock, FITTED, GOLD,ICM-Pro和MOE...
如果需要设置位置或氢键的限制性对接,可以切换至Constraints选项卡进行设置,此步骤也与常规分子对接的设置方法相同。 切换至Docking选项卡,选择对接模式; 共价对接有两种模式:姿势预测(Pose Prediction)(执行完整的协议以进行准确的姿势预测)和虚拟筛选(Virtual Screen),跳过费时的步骤,例如旋转取样和最小化,以筛选大量配体。
计算机辅助药物设计软件之薛定谔,分子对接,药效团,共价对接,构效关系多种案例实战xiaolu--- 立即播放 打开App,流畅又高清100+个相关视频 更多 3153 0 25:33 App CADD蛋白结构分析、虚拟筛选、分子对接(蛋白-蛋白、蛋白-多肽) 2298 0 04:02 App CADD生物药物分子相互作用、虚拟筛选,带你快速学习 878 0 08:...
schrodinger可以。不过这些都是商业软件，需要版权。发自小木虫Android客户端
想问一下用这个软件做共价键的对接的程序或者流程具体是怎么操作的，最好能详细说一下每步操作的目的 ...
分子模拟软件Schrodinger教程分子对接篇:共价对接方法创建英国皇家学会的化学魔术师——波义耳 还记得气体达人小萨啵,以及他的盖·吕萨克定律。作为气体三定律“之首”——波义耳-马略特定律,又怎能被忽略呢?毕竟这是咱中学化学教程里躲不开的一大基础知识点呢~...
新手求助gold对接..有大神能教我一下gold共价对接怎么做吗?如图。我导入蛋白之后可以找到受体上我要对接的原子,但是因为配体是我后来添加的,怎么才能知道要对接的的原子序号呢?求大神解答。
JCIM | 六种共价对接软件的基准测试 前言 在过去的二十年中,靶向共价抑制的研究备受关注,以加强药物的发现和设计,使得共价对接方法的发展也激增。共价抑制剂的典型特征是配体的亲电部分(弹头)和蛋白受体上的亲核残基(主要是半胱氨酸)之间形成化学键。共价抑制剂的反应类型有迈克尔加成、亲核加成,亲核取代反应,开环...
sybyl或者DS能做共价对接吗 发自小木虫Android客户端