print_filtered_signatures:逻辑值,用于控制是否打印被过滤掉的基因集。当设置为TRUE时,如果某个基因集的基因数量少于mini_gene_count参数设定的最小基因数,该基因集会被过滤掉,并且函数会打印出这些被过滤基因集列表,帮助用户了解哪些基因集因为基因数量不足而被排除在外。 该函数返回一个数据框,其中包含pdata和基因...
该图片为免疫浸润与基因相关性气泡图,横坐标表示目标基因,纵坐标表示免疫细胞类型,利用点的大小来表示相关系数,用不同的点来表示正相关和负相关的pvalue值,通过图片也能明显看出那些基因与免疫细胞的相关系数高并且显著,最终筛选出候选基因。 今天小云通过不同的展示方式-相关性气泡图来表示免疫浸润和基因的关系。免疫...
为了确定AS中的氧化应激和免疫相关的生物标志物。本文利用GEO数据集识别并鉴定与氧化应激相关的DEGs。其次利用生物信息学方法比较AS和对照样品免疫浸润水平的差异,构建PPI网络鉴定出关键的AS诊断标志物,并在其他数据集中进行了验证。利用相关性分析和单细胞分析,表明ALOX5和NCF2是铁死亡的差异表达基因。随后利用PCR、免疫...
2、下图还显示B2M、HLA-DQA1、HLA-DPA1、TAP1和TAP2与免疫细胞浸润显著相关,特别是HLA-DPA1和HLA-DQA1。 六、HLA模型基因组之间分子功能的差异 1、在GSE65682(下图A)、GSE63042(下图B)、E-MTAB-4421(下图C)和E-MTAB-4451(下图D)数据集中,免疫相关基因在HLA低风险组中富集。例如细胞因子-细胞因子受体(CCR)...
免疫原性 1/4 创建者:chlee_ 收藏 纯生信,Q1区4.7分,失巢凋亡相关lncRNA的预后模型。可做细胞死亡/泛死亡/NK细胞/细胞衰老/线粒体等基因集,TCGA结合免疫浸润药物 5966播放 纯生信,Q1区4.7分,失巢凋亡相关lncRNA的预后模型。可做细胞死亡/泛死亡/NK细胞/细胞衰老/线粒体等基因集,TCGA结合免疫浸润药物 09:...
目的:基于基因芯片技术,对颅内动脉瘤(IA) mRNA表达谱芯片数据进行基因集富集分析(GSEA)和免疫浸润分析,为深入了解IA的形成机制提供理论依据.方法:从基因表达数据库(GEO)中获取GSE75436芯片数据,利用R软件对基因表达谱进行基因本体论(GO)中生物学过程(BP)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路的GSEA;采用CIBERSORT...
[通信作者]*江涌,主任医师,教授,博士生导师,从事脑血管疾病与颅脑创伤研究,Tel:0830-3165461,E-mail:jiangyong@ swmu. edu. cn·数据挖掘·颅内动脉瘤的相关信号通路基因集富集及免疫浸润分析古龙,周牮,彭建华,庞金伟,谢雨珂,郭科成,张丽芳,陈礼刚,江涌 *(西南医科大学 附属医院 四川省神经外科临床医学研究中心,...
1行代码完成8种免疫浸润分析 im函数可视化数据算法 免疫浸润一直是生信数据挖掘的重点,免疫浸润的各种算法也是大家学习生信数据挖掘必学的知识点。 医学和生信笔记 2023/08/30 1.2K1 怎么分析和展示RNAseq基因表达数据中基因的相关性 编程算法线性回归 TCGA是癌症基因组分析中相当流行的数据库,针对里面数据的挖掘结果、...
免疫相关特征模型的评估 👆的文章在分析的入手点就是来评价数据的免疫浸润情况。👇这个文章则是显出基因入手。 这篇文章首先利用一个自己的数据集来进行差异表达分析,进一步的利用lasso的算法来对差异基因进行降维进而寻找符合自己分析的特征基因。再往下就是对特征基因来进行模型的验证,免疫浸润的相关性的评价以及特征...
1 单个疾病WGCNA+PPI分析筛选hub基因。 2 单个疾病结合免疫浸润,铁死亡,自噬等基因集,机器学习算法等。 3 两种相关疾病联合分析,包括非肿瘤结合非肿瘤,非肿瘤结合肿瘤或者非肿瘤结合泛癌分析 4 基于分型的非肿瘤生信分析 目前非肿瘤生信发文的门槛较低,有需要的朋友欢迎联系小编咨询 ...