对Bulk RNA-seq的数据分析共获得1556个显着的DEGs,包括708个上调基因和848个下调基因(图3A、B)。GO分析表明,DEGs主要富集在核分裂、细胞器裂变、有丝分裂核分裂和其他细胞周期相关功能中(图3C-D)。 图3参与免疫浸润反应基因模块的筛选 4. BLCA相关关键基因模块的识别 利用WGCNA鉴定参与BLCA发展和进展的基因。共...
目的:基于基因表达数据库(GEO)对慢性自发性荨麻疹(CSU)表达谱芯片数据筛选差异表达基因并进行基因集富集分析(GSEA)和免疫细胞浸润分析,深入了解CSU的发病机制.方法:从... 韩露,周扬,万月,... - 《中国免疫学杂志》 被引量: 0发表: 2024年 类风湿关节炎免疫特征基因及其与土茯苓黄酮类化合物的关系研究 目的基...
先天免疫目的:基于生物信息学对银屑病表达谱芯片数据进行基因集富集分析(GSEA)和免疫细胞浸润分析,以更深入了解银屑病的发病机制.方法:从GEO数据库中获取GSE6710芯片数据,利用GSEA软件进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;CIBERSOFT官网下载22种免疫细胞基因表达矩阵及R包,运用R软件获取免疫细胞...
1行代码完成8种免疫浸润分析 im函数可视化数据算法 免疫浸润一直是生信数据挖掘的重点,免疫浸润的各种算法也是大家学习生信数据挖掘必学的知识点。 医学和生信笔记 2023/08/30 1.2K1 怎么分析和展示RNAseq基因表达数据中基因的相关性 编程算法线性回归 TCGA是癌症基因组分析中相当流行的数据库,针对里面数据的挖掘结果、...
今天小云分享几个免疫浸润入门的实用小工具和小知识!一、 CIBERSORT链接能够分析人的免疫细胞。CIBERSORT使用注意事项:需要两个准备文件,芯片或者测序表达矩阵以及参考数据集。表达矩阵格式第一列是基因名,第一行是样品名,不能有重复基因名,第一列列名不能空白。矩阵中不能存在空白或NA值,不要对表达量取Log2。二、...
富集分析;利用ssGSEA方法对表达谱进行免疫细胞浸润分析.结果:与血小板活化及其功能密切相关的基因在CSU血清中上调,与Th1细胞趋化相关的基因在CSU血清中下调;与凝血级联反应,血管通透性的调节,免疫及炎症反应以及神经精神的调控等方面相关的生物过程及信号通路在CSU组上调;免疫细胞浸润分析显示活化的B细胞,未成熟B细胞,滤泡...
基于GEO 数据库的慢性自发性荨麻疹基因集富集及免疫细胞浸润分析doi:10.3969/j.issn.1000-484X.2024.07.010韩露周扬万月管宁方如男李建红Chinese Journal of Immunology
从GEO数据库中获得骨关节炎滑膜数据。采用单样本基因集富集分析(ssGSEA)和GSEA分别分析免疫浸润和巨噬细胞相关生物学通路的差异。利用蛋白质相互作用(PPI)网络分析和机器学习建立巨噬细胞相关基因诊断标记(MAGDS)。RT-qPCR检测小鼠模型中关键MAGs的表达。构建ceRNA调控网络。
教你如何用生信分析解决临床问题! 基于凝血signature分析肿瘤微环境! 我们做基础研究是为了什么?当然是要解决临床问题呀!那么利用生信分析解决临床问题,最能体现生信的价值! 文章题目:肝细胞癌中凝血相关基因的免疫浸润及临床意义分析 发表杂志: Briefings in bioinformatics ...