联合分析相比于单独转录组学和代谢组学的研究，通常需要多个步骤：1)数据预处理；2)数据整合；3)数据标准化；4)差异分析；5)生物功能注释。在这一过程中，需要用到统计学方法、机器学习算法等多种方法。联合分析还可以使用多种生物信息学工具进行相关分析、通路分析等，为分析提供更多的帮助。二.联合分析的应用 1）基于联合
总体而言,文章强调了转录组与代谢组联合分析在疾病研究中的潜力,尤其是在空间组学和单细胞水平上的应用,同时也指出了在临床转化过程中需要克服的技术和方法学挑战。 代谢物检测的准确性:在联合分析中,我们希望建立基因表达(转录组数据)与代谢物水平(代谢组数据)之间的关联。然而,如果代谢物的检测方法不够准确,可能会...
1、挥发性代谢组结果显示,雄蕊是莲花香气的主要来源,挥发性有机化合物(VOCs)的种类和含量在不同花器官及开花阶段存在显著差异,S2(开花当天)和S3(开花后一天)阶段挥发性化合物(VOCs)积累达峰值; 2、萜类、酯类、酮类是莲花香气的核心成分,其中萜类占比最高(23%); 3、转录组分析发现了13034个在雄蕊发育的不同阶...
转录组学与代谢组学分析 转录组分析发现,姜黄素上调了肝脏胆固醇合成相关基因(如 Fdft1、Sqle、Cyp51A1、Msmo1、Dhcr24)的表达,下调了 TG 合成相关基因(如 Acaca、Acacb、Fasn)的表达。代谢组分析鉴定出血清中溶血磷脂酰丝氨酸 18:1(lysoPS 18:1)是姜黄素处理组中最显著的差异代谢物。联合分析显示,lysoPS 1...
该研究首次将代谢组学和转录组学相结合来研究多黏菌素-利福平联合应用增强对铜绿假单胞菌的杀菌作用。该组合对细菌代谢和调节网络产生显著扰动,尤其是在跨膜运输、脂类和碳水化合物代谢、群体感应和毒力方面的变化。强调了多黏菌素联合治疗...
他们以云南干热河谷地区(潞江坝)栽培的 5 个代表性芒果品种(帕拉英达‘PLYD’、热农一号‘RN’、金黄‘JH’、台农一号‘TN’、凯特‘KT’)为研究对象,利用转录组学与代谢组学联合分析手段,深入探究品种间的风味差异及生物合成机制。这项研究成果发表在《Food Bioscience》上,为解析芒果风味代谢网络提供了重要突破...
多组学整合分析 脂质组学+蛋白质组学 转录组学+代谢组学 转录组学+蛋白质组学 蛋白质组学+代谢组学 翻译后修饰蛋白质组+代谢组 转录组学+脂质组学 生物制药分析 非变性质谱分析(Native MS) 抗体偶联药物(ADCs)分析 蛋白质纯度分析(分子筛/反相色谱) 生物药二硫键/游离半胱氨酸检测 肽段覆盖率/肽谱图...
代谢组学和转录组学联合分析的基本步骤包括以下几个方面: 数据准备:首先,收集代谢组学和转录组学的数据。这些数据通常来自不同的实验平台,如代谢组学可能使用质谱技术,而转录组学可能使用RNA测序。 差异表达分析:对代谢组学和转录组学的数据进行差异表达分析,找出在不同条件或疾病状态下的显著变化基因和代谢物。
研究者通过多组学联合分析,结合非靶向和靶向代谢组学以及转录组学,对花瓣带中被特异性激活的类胡萝卜素生物合成的级联途径进行了鉴定。比较分析北美鹅掌楸和鹅掌楸杂交种的类胡萝卜素代谢产物表明,γ-胡萝卜素,一种植物中罕见的胡萝卜素,是最有可能导致花瓣带着色的橙色色素。对发育中的花瓣的表型和转录组分析表明,...
总之,该研究在此建立了RTK激活的转录调控网络,在EGFR或FGFR分型的癌症中突出转录因子ATF4和MYC作为代谢网络重编程的关键节点。 99%的代谢组学研究者都在阅读下文: ●干货 | 如何通俗易懂地理解PCA主成分分析 ●文献解读|炎症性肠病肠道微生物组结构及代谢活性的研究 ...