UCSC Xena是由加州大学圣克鲁兹分校(University Of Cingifornia Sisha Cruz,UCSC)维护的数据库,前身是癌症基因组浏览器Cancer Browser ,虽然其目前已经不再更新,但其中的RNA-Seq数据仍然具有潜在价值,可供我们进行生信分析。 ⏩此节就让我们一起来学习一下如何从UCSC Xena下载转录组数据。 一、从UCEC数据库提取并下...
作为生物信息分析程序猿,经常会使用到TCGA的数据,现将下载步骤整理如下: 1.登录TCGA数据获取网站:https://portal.gdc.cancer.gov/ 2.在搜索栏搜索自己关注的癌症类型: 3.选择下载的数据类型:(我需要下载的是RNA-Seq数据) 4.对数据进行进一步筛选:(可根据自己需求筛选) 5.将所有文件添加到购物车:(此购物车非彼...
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Export the gene expression matrix and clinical information using the Write.csv() function, completing the download and preparation of the UCEC Xena RNA-Seq data (as exemplified with TCGA UCEC), ready for subsequent bioinformatics analysis.