3. 下载数据 ##ENA数据库获取下载链接 (1)输入项目编号 (2)按照自己的需要获取需要的链接,本次下载需要的链接为: ##获取下载链接sra.url cat sra.url ##批量下载 outputdir= ~/rnaseq/KKLC/rawdata/ ##下载文件存储路径 cat sra.url |while read id do echo "ascp -k 1 -QT -l 300m -P33001...
UCSC Xena是由加州大学圣克鲁兹分校(University Of Cingifornia Sisha Cruz,UCSC)维护的数据库,前身是癌症基因组浏览器Cancer Browser ,虽然其目前已经不再更新,但其中的RNA-Seq数据仍然具有潜在价值,可供我们进行生信分析。 ⏩此节就让我们一起来学习一下如何从UCSC Xena下载转录组数据。 一、从UCEC数据库提取并下...
Common Fields下介绍了数据的基本信息,例如表中的PAIRED表示双端测序数据。此次实战选择勾选 Found 27 Items下的RNA_mESCs和RNA_EpiSCs各两个数据,再选中Select下的Selected选项,下载Accession List后复制数据的SRR号 二、SRA数据下载 1.创建并进入test项目文件夹,将SRR号粘贴导入idname文件 代码语言:javascript 代码运...
下载数据:点击蓝色序列号,选择“FASTA/FASTQ download”,然后下拉选择“FASTQ”格式进行下载。 小贴士 💡 NCBI支持批量下载原始数据,今天我们先学会基本的下载步骤,明天继续学习其他内容。 总结📝 通过今天的学习,我们掌握了从NCBI数据库下载RNA-Seq原始数据的基本步骤。这些数据将为我们后续的转录组分析和功能富集分析...
选RNA-seq 转录组 基因表达值 加到购物车 大于5GB的文件要通过GDC Data Transfer Tool下载 这里给出GDC Data Transfer Tool的下载页面,根据自己的系统选择合适的交互界面,也就是UI界面,这里同时要下载左边的client脚本,否则交互界面没什么作用。 mac是这个 ...
进入NCBI官网后选择GEO,输入GSE183976,进入数据下载页面。 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc...
3. TCGA RNA-seq数据的下载和整理临沐清风编辑于 2023年12月07日 01:14 这部分最后一直出error,显示有个文件permission denied。网上的解决方案上课让我调整名称或者用管理员运行,但都不行 分享至 投诉或建议评论 赞与转发0 0 2 0 0 回到旧版 顶部登录哔哩哔哩,高清视频免费看! 更多登录后权益等你解锁...
数据下载数据下载是进行RNA-seq数据分析的第一步,我们需要从公共数据库(如NCBI)或者通过合作者获取原始的测序数据。常见的测序数据格式有FASTQ和BAM。 使用trim-galore进行质量控制和序列修剪trim-galore是一个基于Galaxy和cutadapt的工具,用于处理RNA-seq数据中的质量控制和序列修剪。使用trim-galore可以去除低质量的序列...
我认为用R下载TCGA上数据是最方便的,只是其中需要明确参数设置 (比如project, workflow.type等),才能正确地下载到满足自己需求的数据。 以下附上我使用的代码,用来下载TCGA上的GBM bulk RNA-seq数据。除此以外,中国脑胶质瘤基因组图谱(http://www.cgga.org.cn/download.jsp)也有提供GBM的bulk RNA-seq以及对应病...
Oncogenic lncRNA downregulates cancer cell antigen presentation and intrinsic tumor suppression不过不需要看文章,大家只需要做差异分析即可,这个时候需要注意的是,作者提供的是RPKM值表达矩阵! 1.下载数据GSE113143并加载数据 代码语言:javascript 复制 a=read.table('GSE113143_Normal_Tumor_Expression.tab.gz',sep=...