メールに対する返信なので、「下記の件」はおかしいのでは・・・ 真ん中の３文は、以下のように修正してみてはいかがでしょうか。「本件につきましては承知致しました。お忙しいところ、ご手配いただきありがとうございます。」
この表現は自然ですか？@Akane_ご連絡ありがとうございます。採用していただき、誠にありがとうございます。(大変ありがたいと思っております。はもう感謝は伝えているのでいらないかも)提出書類の件、承知いたしました。必ず締め切りまで提出いたします。引き続き宜しくお願いいたします。(...