生物信息学和遗传学是相互交织的两个学科,共同致力于解读生物体内复杂的基因信息。这些信息有助于理解物种的演化,疾病的起因,以及个体差异等方面。 XP-CLR(Cross Population Composite Likelihood Ratio)分析是其中一个重要的分析方法,主要用于检测不同种群间由于自然选择而产生的基因频率变化。 本文将介绍XP-CLR分析的基...
XP-CLR选择信号分析 检测基因组选择信号的方法有很多种,其中 XP-CLR 方法是常用的一种。XP-CLR 是陈华老师、Nick Patterson 和 David Reich 在 2010 年发表的方法,全称叫 the cross-population composite likelihood ratio test(跨群体复合似然比检验),是一种是基于选择扫荡(selective sweeep)的似然方法。选择扫荡...
1. 原版 安装比较简单。 直接运行bin下的XPCLR即可,若不能运行,则编译下: 原版分析时准备文件过程较为繁琐,因此更建议使用Python版。 2. Python版本 ...
Hardy-Weinberg平衡检测用于检查基因型频率是否符合基因频率的乘积，例如，如果A的频率为0.3，a的频率为0.7，那么Aa的频率应接近0.42。此外，我们还会使用Tajima's D和XP-CLR这两个更高级的统计指标来深入分析群体分化。Tajima's D衡量遗传多样性与中性突变速率之间的差异，而XP-CLR则考虑了选择清除的...
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常用分析命令：参数解释：基本参数说明 其中，群体A为reference，群体B为目标群体。运行示例文件 结果文件中倒数两列分别为xpclr标准化值，以及xpclr的值 Chen, H., Patterson, N. and Reich, D., 2010. Population differentiation as a test for selective sweeps. Genome research, 20(3), pp....
原因分析 后续分析推荐 1. 原版 安装比较简单。 wget https://reich.hms.harvard.edu/sites/reich.hms.harvard.edu/files/inline-files/XPCLR.tar tar xvf XPCLR.tar 1. 2. 3. 直接运行bin下的XPCLR即可,若不能运行,则编译下: cd src make
原因分析 后续分析推荐 1. 原版 安装比较简单。 wgethttps://reich.hms.harvard.edu/sites/reich.hms.harvard.edu/files/inline-files/XPCLR.tar tar xvf XPCLR.tar 直接运行bin下的XPCLR即可,若不能运行,则编译下: cd srcmakemakeinstall 原版分析时准备文件过程较为繁琐,因此更建议使用Python版。
原因分析 后续分析推荐 1. 原版 安装比较简单。 wgethttps://reich.hms.harvard.edu/sites/reich.hms.harvard.edu/files/inline-files/XPCLR.tar tar xvf XPCLR.tar 直接运行bin下的XPCLR即可,若不能运行,则编译下: cd srcmakemakeinstall 原版分析时准备文件过程较为繁琐,因此更建议使用Python版。