#运行xpclr XPCLR -xpclr chr1_southpop_geno.txt chr1_northpop_geno.txt chr1_xpclr.map chr1 -w1 0.005 200 2000 28 -p0 0.95 #window为2000 #每一列分别是 SNPName chr# GeneticDistance(Morgan) PhysicalDistance(bp) RefAllele TheOtherAllele #输入文件也可以是vcf文件格式,但我在此过程运行失败,...
XP-CLR 是陈华老师、Nick Patterson 和 David Reich 在 2010 年发表的方法,全称叫 the cross-population composite likelihood ratio test(跨群体复合似然比检验),是一种是基于选择扫荡(selective sweeep)的似然方法。选择扫荡可以增加群体之间的遗传分化,导致等位基因频率偏离中性条件下的预期值。 XP-CLR 利用了两个...
conda create -n xpclr -c bioconda xpclr conda activate xpclr 1. 2. 报错: $ xpclr -h Traceback (most recent call last): File "/home/miniconda3/envs/xpclr/bin/xpclr", line 5, in <module> import xpclr File "/home/miniconda3/envs/xpclr/lib/python2.7/site-packages/xpclr/__init...
XP-CLR 是一种是基于选择扫荡(selective sweeep)的似然方法。选择扫荡可以增加群体之间的遗传分化,导致等位基因频率偏离中性条件下的预期值。 XP-CLR 利用了两个群体之间的多基因座等位基因频率差异(multilocus allele frequency differentiation)建立模型,使用布朗运动来模拟中性下的遗传漂移,并使用确定性模型来近似地对附...
建议还是将安装路径/project/xpclr/bin加入环境变量(测试了下,貌似不用加入环境变量也可直接调用,可能是软件安装环节已经加入),直接用xpclr。 原因分析 conda安装虽然便捷,但作者没有及时更新,最早的版本也是在3年前(Python2),导致一些包不兼容。 而GitHub版本作者还是在维护的,所以对于后来者推荐之。
1. 原版 安装比较简单。 直接运行bin下的XPCLR即可,若不能运行,则编译下: 原版分析时准备文件过程较为繁琐,因此更建议使用Python版。 2. Python版本 ...
XP-CLR 是陈华老师、Nick Patterson 和 David Reich 在 2010 年发表的方法，全称叫 the cross-population composite likelihood ratio test（跨群体复合似然比检验），是一种是基于选择扫荡（selective sweeep）的似然方法。选择扫荡可以增加群体之间的遗传分化，导致等位基因频率偏离中性条件下的预期值。XP-...