常用分析命令: XPCLR -xpclr genofile1 genofile2 mapfile outputFile -w1 0.005 500 10000 chrN -p1 0.95 参数解释: -xpclr :后面接是两个群体的 .geno 文件(genofile1 和 genofile2)、 .snp 文件(mapfile)、输出文件(outputFile) -w1:后面接的参数依次为:gWin 是 Morgan 为单位的window size(一般...
下图是近日发表在The Plant Cell上的一篇文章中关于XP-CLR分析的结果,展示了中美两国小麦育种靶标的异同,发现约15%的基因组区域受到了选择,在这些受选择的区域中包含诸多控制株型、产量、品质和抗病等的已知基因。 基本概念 XP-CLR是一个统计方法,用于比较两个或更多的种群以识别自然选择的迹象,自然选择是进化的主...
1. 原版 安装比较简单。 直接运行bin下的XPCLR即可,若不能运行,则编译下: 原版分析时准备文件过程较为繁琐,因此更建议使用Python版。 2. Python版本 ...
选择分析-XP-CLR reference 两个版本:python版和原版。 python版运行失败,这里介绍原版。 preparation pip install scikit-allel>=1.2 pip install numpy pip install pandas pip install scipy pip install h5py pip install zarr installation wget https://reich.hms.harvard.edu/sites/reich.hms.harvard.edu/files...
原版分析时准备文件过程较为繁琐,因此更建议使用Python版。 $ /project/biosoft/XPCLR/bin/XPCLR -h Usage: XPCLR -xpclr hapmapInput1 hapmapInput2 mapInput outFile -w gWin(Morgan) snpWin gridSize(bp) chrN -p corrLevel -w1: gWin sets the size of a sliding window(units: 100cM),sWin set...
选择清除分析软件XP-CLR的安装折腾之路 目录 1. 原版 2. Python版本 安装 运行 原因分析 后续分析推荐 1. 原版 安装比较简单。 wgethttps://reich.hms.harvard.edu/sites/reich.hms.harvard.edu/files/inline-files/XPCLR.tar tar xvf XPCLR.tar 直接运行bin下的XPCLR即可,若不能运行,则编译下:...
常用分析命令：参数解释：基本参数说明 其中，群体A为reference，群体B为目标群体。运行示例文件 结果文件中倒数两列分别为xpclr标准化值，以及xpclr的值 Chen, H., Patterson, N. and Reich, D., 2010. Population differentiation as a test for selective sweeps. Genome research, 20(3), pp....
Hardy-Weinberg平衡检测用于检查基因型频率是否符合基因频率的乘积，例如，如果A的频率为0.3，a的频率为0.7，那么Aa的频率应接近0.42。此外，我们还会使用Tajima's D和XP-CLR这两个更高级的统计指标来深入分析群体分化。Tajima's D衡量遗传多样性与中性突变速率之间的差异，而XP-CLR则考虑了选择清除的...
/home/user01/miniconda3/envs/pfam_scan/lib/python3.7/site-packages/allel/io/vcf_read.py:1622...
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