git clone https://github.com/hardingnj/xpclr.git cd xpclr python setup.py install python3 /home/liulu/software/xpclr/bin/xpclr --format txt --map mapfile.snp --popA genotype1.geno --popB genotype2.geno --chr 1 --ld 0.95 --phased --maxsnps 600 --size 2000 --step 2000 --out...
第二步:运行XP-CLR 假设XP-CLR已经安装并可以从命令行访问,以下是一个基本的命令行示例: xpclr -xpclr \populationA.vcf populationB.vcf \output.xpclr --format vcf 这将比较populationA.vcf和populationB.vcf中的数据,并将结果保存到output.xpclr。 第三步:结果解析 输出文件output.xpclr包括以下几列: 染...
XP-CLR 是陈华老师、Nick Patterson 和 David Reich 在 2010 年发表的方法，全称叫 the cross-population composite likelihood ratio test（跨群体复合似然比检验），是一种是基于选择扫荡（selective sweeep）的似然方法。选择扫荡可以增加群体之间的遗传分化，导致等位基因频率偏离中性条件下的预期值。XP-...
gdistkey=args.gdistkey)File"/home/miniconda3/envs/xpclr/lib/python2.7/site-packages/xpclr/util.py",line112, inload_vcf_format_data pos1, geno1 = load_vcf_wrapper(vcf_fn, chrom, samples1)File"/home/miniconda3/envs/xpclr/lib/python2.7/site-packages/xpclr/util.py",line94,inload_vcf...
老师，您好，我在原版的XPCLR分析时得到最后的XPCLR_score，但是我想将窗口大小和步长与FST对应，图片...
在使用课程提供的黄瓜重测序数据进行xpclr分析的时候出现了这样的报错：/home/user01/miniconda3/envs/...
tar xvf XPCLR.tar 1. 2. 3. 直接运行bin下的XPCLR即可,若不能运行,则编译下: cd src make make install 1. 2. 3. 原版分析时准备文件过程较为繁琐,因此更建议使用Python版。 $ /project/biosoft/XPCLR/bin/XPCLR -h Usage: XPCLR -xpclr hapmapInput1 hapmapInput2 mapInput outFile -w gWin(...
XP-CLR 利用了两个群体之间的多基因座等位基因频率差异(multilocus allele frequency differentiation)建立模型,使用布朗运动来模拟中性下的遗传漂移,并使用确定性模型来近似地对附近的单核苷酸多态性(SNPs)进行选择性扫描。 XP-CLR 不仅可以用在人类上,它在动植物驯化研究中也用得较多,比如玉米、大豆、家犬、牛等。
1. 原版 安装比较简单。 直接运行bin下的XPCLR即可,若不能运行,则编译下: 原版分析时准备文件过程较为繁琐,因此更建议使用Python版。 2. Python版本 ...