第二步:运行XP-CLR 假设XP-CLR已经安装并可以从命令行访问,以下是一个基本的命令行示例: xpclr -xpclr \populationA.vcf populationB.vcf \output.xpclr --format vcf 这将比较populationA.vcf和populationB.vcf中的数据,并将结果保存到output.xpclr。 第三步:结果解析 输出文件output.xpclr包括以下几列: 染...
XP-CLR 是陈华老师、Nick Patterson 和 David Reich 在 2010 年发表的方法,全称叫 the cross-population composite likelihood ratio test(跨群体复合似然比检验),是一种是基于选择扫荡(selective sweeep)的似然方法。选择扫荡可以增加群体之间的遗传分化,导致等位基因频率偏离中性条件下的预期值。 XP-CLR 利用了两个...
File "/home/miniconda3/envs/xpclr/bin/xpclr", line 5, in <module> import xpclr File "/home/miniconda3/envs/xpclr/lib/python2.7/site-packages/xpclr/__init__.py", line 3, in <module> from xpclr import methods File "/home/miniconda3/envs/xpclr/lib/python2.7/site-packages/xpclr...
cat raimondii.recode.vcf | awk '($1=="ch1"){print $1":"$2"\t"$1"\t"$2/100000000"\t"$2"\t"$4"\t"$5}' |grep -v '#' >ch1_xpclr.map #运行xpclr XPCLR -xpclr chr1_southpop_geno.txt chr1_northpop_geno.txt chr1_xpclr.map chr1 -w1 0.005 200 2000 28 -p0 0.95 #...
Traceback (most recent call last): File "/gss1/home/zhangf01/zxf-tools/xpclr/bin/xpclr"...
/home/user01/miniconda3/envs/pfam_scan/lib/python3.7/site-packages/allel/io/vcf_read.py:1622...
建议还是将安装路径/project/xpclr/bin加入环境变量(测试了下,貌似不用加入环境变量也可直接调用,可能是软件安装环节已经加入),直接用xpclr。 原因分析 conda安装虽然便捷,但作者没有及时更新,最早的版本也是在3年前(Python2),导致一些包不兼容。 而GitHub版本作者还是在维护的,所以对于后来者推荐之。
1. 原版 安装比较简单。 直接运行bin下的XPCLR即可,若不能运行,则编译下: 原版分析时准备文件过程较为繁琐,因此更建议使用Python版。 2. Python版本 ...
.snp file 每一行是一个 SNP的信息，每一列分别是 SNPName chr# GeneticDistance(Morgan) PhysicalDistance(bp) RefAllele TheOtherAllele。示例数据 9.xpclr.b36.snp 用的是 tab 间隔符。 比如：常用分析命令：参数解释：基本参数说明 其中，群体A为reference，群体B为目标群体。运行示例文件 ...