E-mail:15967149972@163.com.∗通信作者:李余动,男,副教授,研究方向:微生物基因组学。 E-mail:lyd@zjsu.edu.cn.DOI:10.12113/j.issn.1672-5565.201804007Windows下16SrRNA 基因扩增子测序数据分析的简易流程方梅梅,王禹煊,王明月,郑和龙,张 璐,向沙沙,张国庆,李余动 ∗(浙江工商大学 食品与生物工程学院,...
16S rRNA基因有9个高变区(V1~V9)中,V4区是最准确且能识别到属水平的可变区,而V3~V4区测序长度(约465 bp)比V4区更长(约290 bp),相较单独V4区测序更加准确[7]。新一代高通量测序平台Illumina MiSeq克服了传统高通量测序方法的读长较短与误差较大的缺陷,因而用于16S rRNA的V3~V4区测序可获得更准确的微...
为此我们设 计了一套在Windows的Linux 子系统(WSL)下分析16SrRNA基因扩增子高通量测序数据的简易流程。 本流程整合常用的开 源软件VSEARCH与QIIME等,能对16SrRNA测序数据进行质量控制、OTU聚类、多样性分析及结果可视化呈现。 以唾液微 生物组分析为例,详细介绍从原始数据到多样性统计分析过程的参数和命令,及结果解读...
为此我们设计了一套在Windows的Linux子系统(WSL)下分析16S rRNA基因扩增子高通量测序数据的简易流程。本流程整合常用的开源软件VSEARCH与QIIME等,能对16S rRNA测序数据进行质量控制、OTU聚类、多样性分析及结果可视化呈现。以唾液微生物组分析为例,详细介绍从原始数据到多样性统计分析过程的参数和命令,及结果解读。教学...