WGCNA的R语言安装包问题 当前使用版本R 3.6.3 使用最简单的语句 install.packages("WGCNA")后,再尝试 library("WGCNA")后,会发现错误提示: Warning in install.packages : package ‘XXXX’ is not available (for R version 3.6.3) 经过一轮尝试,发现缺失10个包(按照错误提示顺序列表) GO.db AnnotationDbi D...
### 1. 包的安装和加载 ## 安装依赖包 if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(c("GO.db", "preprocessCore", "impute")) install.packages('WGCNA') library(WGCNA) packageVersion('WGCNA') help(package='WGCNA') ### 2. 准备数据 ##...
Now you can install the hdWGCNA package usingdevtools. devtools::install_github('smorabit/hdWGCNA', ref='dev') 报错记录 原因是没有“tester”包 我这里用的方法是本地下载 代码是devtools::install_local("smorabit-hdWGCNA-v0.1.1-64-gbc0989f.tar.gz") 注意要setwd设置一下路径 然后就加载成功咯...
load("wgcna_step1.RData") load("wgcna_step2.RData") load("wgcna_step3.RData") load("wgcna_step4.RData") library(WGCNA) # 6、基因相关性热图 # 探索所有基因或关注基因之间的相关性,用热图呈现,颜色越深,说明基因之间的相互作用越强。这个图片锦上添花吧,没有表型与基因相关性热图重要。 # 主...
R package:WGCNA加权基因共表达网络的构建与分析 佳名关注赞赏支持R package:WGCNA加权基因共表达网络的构建与分析 佳名关注IP属地: 上海 0.8762019.05.30 16:39:50字数302阅读12,734 1.安装 BiocManager::install("WGCNA") library(WGCNA) 载入WGCNA包时会发现部分包没有安装需要手动安装 BiocManager::install(c...
WGCNA R包根据表达数据构建“加权基因共表达网络分析”。最初发表于 2008 年,引用如下: 更多信息 Installing WGCNA install.packages(c("tidyverse", "magrittr", "WGCNA")) Overview The WGCNA pipeline is expecting an input matrix of RNA Sequence counts. Usually we need to rotate (transpose) the input...
install.packages(c("WGCNA", "stringr", "reshape2")) 1. 2. 3. 4. 如果R语言3.5以下版本,安装命令如下: source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite(c("AnnotationDbi", "impute","GO.db", "preprocessCore")) install.packages(c("matrixStats", "Hmisc","foreach", "doParallel", ...
"package 'WGCNA' was built under R version 3.6.1"Loading required package: dynamicTreeCut Loading required package: fastcluster Attaching package: 'fastcluster' The following object is masked from 'package:stats': hclust Attaching package: 'WGCNA' The following object is masked from 'package:stats...
针对您遇到的“package or namespace load failed for 'wgcna' in loadNamespace”错误,以下是一些可能的解决步骤,帮助您定位并解决问题: 确认'wgcna'包是否已正确安装: 首先,确保您已经使用install.packages("WGCNA")命令正确安装了WGCNA包。注意,R包名通常是大小写敏感的,虽然WGCNA在Bioconductor上是小写,但在安装...
install.packages(c("WGCNA","stringr","reshapr2")) 但是在 > library(WGCNA)时候还是会有依赖包没安上。 所以,我选择了更新RStudio,最近更新的1.2版本会自动安装所需依赖包,所以直接 install.packages("WGCNA") 就会显示安装完成。 接下来就是修改路径 ...