WGCNA的R语言安装包问题 当前使用版本R 3.6.3 使用最简单的语句 install.packages("WGCNA")后,再尝试 library("WGCNA")后,会发现错误提示: Warning in install.packages : package ‘XXXX’ is not available (for R version 3.6.3) 经过一轮尝试,发现缺失10个包(按照错误提示顺序列表) GO.db AnnotationDbi D...
用命令 install.packages("WGCNA") 执行完命令后,提示信息显示有三个依赖包(‘impute’, ‘preprocessCore’, ‘GO.db’)无法安装。 然后再安装那三个依赖包。 BiocManager::install("impute"),安装impute时,也会安装GO.db包。遇到是否更新其他R包时,选择不更新 n. >library("WGCNA") Error: package or name...
安装时,我直接使用R4.1.2中的R.exe进行安装的。 01.png install.packages('WGCNA') 之后会弹出一个镜像源选择框,这里选China(Beijing 2)[https] mirror.png 安装完成后,试试能否加载成功 library(WGCNA) ### Error: package or namespace load failed for ‘WGCNA’ in loadNamespace(i, c(lib.loc, .l...
WGCNA不仅可以帮助我们理解基因在不同生物过程中的调控机制,还可以帮助我们发现与特定疾病或生物过程相关的候选基因。 本篇文章将介绍如何使用R语言中的WGCNA包进行基因共表达网络分析,并展示如何绘制WGCNA模块图。 安装WGCNA包 在使用WGCNA之前,我们首先需要安装R语言中的WGCNA包。 install.packages("WGCNA") library(WGC...
install.packages("BiocManager") BiocManager::install(c("GO.db", "preprocessCore", "impute")) install.packages('WGCNA') library(WGCNA) packageVersion('WGCNA') help(package='WGCNA') ### 2. 准备数据 ## 读入基因表达数据,行:基因名,列:样品名 ...
Now you can install the hdWGCNA package usingdevtools. devtools::install_github('smorabit/hdWGCNA', ref='dev') 报错记录 原因是没有“tester”包 我这里用的方法是本地下载 代码是devtools::install_local("smorabit-hdWGCNA-v0.1.1-64-gbc0989f.tar.gz") ...
(1)运行“library("WGCNA")”时报错:there is no package called 'WGCNA'。 解决方法:使用R包前需要先安装R包,输入命令以下就行了。 !!!*** install.packages("WGCNA") !!!*** (2)使用不同文件进行分析时,从文件中读取数据时出错。 解决方法
install.packages(c("matrixStats", "Hmisc","foreach", "doParallel", "fastcluster", "dynamicTreeCut", "survival")) install.packages(c("WGCNA", "stringr", "reshape2")) 如果R语言3.5以下版本,安装命令如下: source("https://bioconductor.org/biocLite.R") ...
Package WGCNA 1.63 loaded.## *## * Important note: It appears that your system supports multi-threading,## * but it is not enabled within WGCNA in R.## * To allow multi-threading within WGCNA with all available cores, use## *## * allowWGCNAThreads()## *## * within R. Use ...
install.packages(c(“WGCNA”, “stringr”, “reshape2”), repos=site) WGCNA实战 实战采用的是官方提供的清理后的矩阵,原矩阵信息太多,容易给人误导,后台回复WGCNA获取数据。 数据读入 library(WGCNA) Loading required package: dynamicTreeCut Loading required package: fastcluster Attaching package: ‘fastclu...