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1. 下载R包WGCNA 目前,共表达网络构建通常使用WGCNA这个R包,下载的时候按照官方文档即可。 下载: 当然也可以选择当前版本的R下继续安装,这就需要手动安装很多R包,最终完成安装,官网中也有相关的方法介绍。如果使用的Mac OS X系统,有时安装失败,也要重新安装才行【1】。 为了方便,我选择conda新建R4.1环境,然后下载...
加权基因共表达网络分析R包WGCNA纸鱼的世界 立即播放 打开App,流畅又高清100+个相关视频 更多1540 -- 4:29 App GEO基因表达信息库在线工具:差异表达分析软件GEO2R 1051 -- 6:55 App 基因过表达引物的设计 415 -- 3:14 App 在线工具库癌症基因组图谱(TCGA)数据库及格第三方工具 3615 1 1:41 App ...
cor <- WGCNA::cor 因为R本身自带一个计算相关性的函数cor,也就是我们在☞R计算多个向量两两之间相关性中用到的cor函数。而WGCNA中也有一个cor函数,这个是WGCNA分析中特有的cor函数,而默认情况下R会调用自带的cor函数。 如果我们想再换回R自带的cor函数,只需要运行下面的R代码就可以了 cor<-stats::cor 【...
加载需要的R包 library(WGCNA) enableWGCNAThreads(nThreads = 6) #BiocManager::install("DESeq2") library(DESeq2) 这里用到deseq2主要是用来计算fpkm的 读取三个数据 data0<-read.table("my_counts.csv", header=T, row.names=1, sep=",") ...
代码下载地址 本文主要参考WGCNA官网的教程1。整个分析流程可以分为以下几个步骤: 数据输入和清理 建设表达网络与模块检测 筛选与表型相关的模块 使用WGCNA进行网络可视化 参考 WGCNA的安装 前置软件包安装如果是R语言3.5及以上版本,安装命令如下: ...
加权基因共表达网络分析(WGCNA, Weighted gene co-expression network analysis)是一种用来描述不同样品之间基因关联模式的系统生物学方法,可以用来鉴定高度协同变化的基因集, 并根据基因集的内连性和基因集与表型之间的关联鉴定候补生物标记基因或治疗靶点。相比于只关注差异表达的基因,WGCNA利用数千或近万个变化最大的...
要在R语言中安装WGCNA(加权基因共表达网络分析)包,你可以按照以下步骤进行操作: 打开R语言的官方CRAN镜像网站: 你可以访问R语言的官方CRAN镜像网站,选择一个可靠的镜像源。通常,默认的CRAN镜像网站即可满足需求。 在搜索框中输入“WGCNA”: 虽然这一步在官方CRAN镜像网站的搜索框中并不直接适用(因为CRAN镜像网站主要...
R-WGCNA-1 无性状脚本 来自转载 Without Trait # Display the current working directorygetwd()# If necessary, change the path below to the directory where the data files are stored.# "." means current directory. On Windows use a forward slash / instead of the usual \.workingDir="F:/test/...
>library(WGCNA)Error:package or namespace load failedfor‘WGCNA’inloadNamespace(j<-i[[1L]],c(lib.loc,.libPaths()),versionCheck=vI[[j]]):there is no package called ‘xfun’ In addition:Warning message:package ‘WGCNA’ was built under R version4.1.3 ...