在基因共表达网络中,圆圈代表基因,直线代表基因之间存在调控关系。圆圈的大小代表degree值,即网络中某一基因与周围基因的关系数量,degree越大,代表与它有相互作用关系的基因越多。圆圈的颜色是按照k-core进行划分的聚类结果,k-core表示在一个子图中,所有的点至少连接着k个点,用以评估基因在网络位置的中心程度,值越...
Co-expression network(共表达网络) :undirected, weighted gene networks,其点代表基因,边代表基因表达相关性,加权(weighted)是指对相关性值进行幂次运算。 Connectivity (连接度):类似于网络中 “度”(degree)的概念,用字母k表示。每个基因的连接度是与其相连的基因的边属性之和。 Module(模块):高度內连的基因集。
Co-expression network(共表达网络) :undirected, weighted gene networks,其点代表基因,边代表基因表达相关性,加权(weighted)是指对相关性值进行幂次运算。 Connectivity (连接度):类似于网络中 “度”(degree)的概念,用字母k表示。每个基因的连接度是与其...
Connectivity (连接度):类似于网络中 “度” (degree)的概念。每个基因的连接度是与其相连的基因的边属性之和。 Module eigengene E: 给定模型的第一主成分,代表整个模型的基因表达谱。这个是个很巧妙的梳理,我们之前讲过PCA分析的降维作用,之前主要是拿来做可视化,现在用到这个地方,很好的用一个向量代替了一个矩...
其中,degree(i)degree(i) 和 degree(j)degree(j) 分别表示基因i和j的度数。 4. **动态树切割(Dynamic Tree Cut)**: 动态树切割是一种层次聚类方法,用于从TOM矩阵中识别模块。该方法通过自底向上的方式逐步合并相似的基因,直到达到预设的模块大小或差异阈值。动态树切割比传统的静态剪枝方法更灵活,能够更好地...
Connectivity(degree)-连接度:与某个基因连接的所有其他基因的总和,即描述一个基因与其他所有基因的关联程度,一般用K值表示。 Intramodular connectivity KIM-模块内部连接度IC:某个模块中的基因与该模块中其他基因的关联程度(共表达程度)。可用来衡量模块身份(module membership,MM). ...
Connectivity (连接度):类似于网络中 “度” (degree)的概念。每个基因的连接度是与其相连的基因的边属性之和。 Module eigengene E:给定模型的第一主成分,代表整个模型的基因表达谱。这个是个很巧妙的梳理,我们之前讲过PCA分析的降维作用,之前主要是拿来做可视化,现在用到这个地方,很好的用一个向量代替了一个矩阵...
Connectivity (连接度):类似于网络中 “度” (degree)的概念。每个基因的连接度是与其相连的基因的边属性之和。 Module membership: 给定基因表达谱与给定模型的eigengene的相关性。 wngAdjacency matrix (邻接矩阵):只需要理解这个矩阵的目的是为了能够描述基因和基因之间的相关性 数据的预处理 通常我们拿到的数据不是...
Connectivity (连接度):类似于网络中 “度” (degree)的概念。每个基因的连接度是与其相连的基因的边属性之和。 Module eigengene E: 给定模型的第一主成分,代表整个模型的基因表达谱。这个是个很巧妙的梳理,我们之前讲过PCA分析的降维作用,之前主要是拿来做可视化,现在用到这个地方,很好的用一个向量代替了一个矩...
网络的数学名称是图,图论中每一个节点node有一个概念,那就是度degree,一个点的度指的是图中该点所关联的边数edge。 scale-free network特点是存在少数节点,具有明显高于一般点的度,也就是并不是平均分布,这些点称为hub,由少数hub与其它节点关联,构成真哥哥网络。这样的无尺度网络的节点读书与具有该度数的节点个...