一.WGCNA包的安装和加载 WGCNA包的下载安装参考官网。https://horvath.genetics.ucla.edu/html/CoexpressionNetwork/Rpackages/WGCNA/index.html install.packages("BiocManager") BiocManager::install("WGCNA") library(WGCNA) library(flashClust) library(iterators) 二.基因表达数据的加载和预处理 femData <- read....
在识别出模块后,我们可以使用 WGCNA 包来计算模块与外部性状之间的相关性,并找到与我们感兴趣的生物学特征相关的模块。 # 设置模块与外部性状关联的参数wgcna.set_module_trait_correlation_params(trait_matrix,use_cor='bicor',cor_p_value_threshold=0.05)# 计算模块与外部性状的相关性wgcna.calculate_module_trait...
WGCNA的第一步是计算基因间的相关性矩阵，这里我们采用皮尔森系数的计算方法，来完成基因间的直接相关性矩...
水文专业在R语言中常用的包 r语言wgcna ### 1. 包的安装和加载 ## 安装依赖包 if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(c("GO.db", "preprocessCore", "impute")) install.packages('WGCNA') library(WGCNA) packageVersion('WGCNA') help(pa...
1.R包下载 BiocManager::install("WGCNA") 2.数据导入和清洗 这是任何网络分析的第一步。在这里展示了如何加载典型的表达数据,将其预处理成适合网络分析的格式,并通过去除明显的离群样本以及缺失条目数量过多的基因和样本来清洗数据。 2.1 导入表达数据
安装WGCNA包 R#进入R环境#设置镜像(选择中科大或清华的)##中科大镜像options("repos"=c(CRAN="[https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/"](https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/")))options(BioC_mirror="[https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/"](https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/"))##清华源options(rep...
加权基因共表达网络分析R包WGCNA纸鱼的世界 立即播放 打开App,看更多精彩视频100+个相关视频 更多 2.7万 60 01:06 App 给点流量吧!这样我真扛不住!买生物针都不够! 1643 0 04:29 App GEO基因表达信息库在线工具:差异表达分析软件GEO2R 51.7万 133 00:30 App 浓硫酸蘸饺子 8.0万 135 03:54 App ...
WGCNA包 WGCNA有了相关性矩阵为什么还要计算拓扑矩阵? https://www.sci666.com.cn/58128.html WGCNA分析是如何找出基因模块的? https://www.sci666.com.cn/58731.html WGCNA中的eigengene有什么重要意义呢? https://www.sci666.com.cn/59227.html
这是典型的C语言中函数模块中的返回值问题，算是常见的语法细节，很多人觉得C语言已经过时了，只能代表...
运行java -version出现Error: could not open `C:\Program Files\Java\jre7\lib\i586\jvm.cfg')，...