全基因组甲基化测序(Whole Genome Bisulfite Sequencing,WGBS)是通过 Bisulfite处理将基因组中未发生甲基化的C碱基进行转换用以区分具有甲基化修饰的C碱基,并结合高通量测序技术判断CpG/CHG/CHH位点是否发生甲基化的一种方法。 技术原理 基于重亚硫酸盐的甲基化分析方法,首先通过重亚硫酸盐对样本DNA进行处理,将未甲基化...
WGBS测序是一种全基因组DNA甲基化测序技术,被视为DNA甲基化研究的“金标准”。它通过重亚硫酸盐处理样本DNA,将未甲基化的C碱基转化为U碱基,而甲基化的C碱基则保持不变。结合高通量测序技术,可以绘制单碱基分辨率的全基因组DNA甲基化图谱。这项技术具有高精确度、广检测范围和高可靠性,广泛应用于表观遗传学研究、...
WGBS技术的原理和流程可分为以下几个步骤：1. 将DNA样本经过亚硫酸盐处理，将非甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶（Uracil），而甲基化的胞嘧啶则保持不变。2. 将经过处理的DNA进行PCR扩增，此时尿嘧啶会变为胸腺嘧啶（Thymine），与原本甲基化的胞嘧啶（Cytosine）区分开。3. 通过高通量测序技术对PCR产物进行测序，可以...
全基因组重亚硫酸盐甲基化测序（WGBS）可以在全基因组范围内精确的检测所有单个胞嘧啶碱基（C碱基）的甲基化水平，是DNA甲基化研究的金标准。WGBS能为基因组DNA甲基化时空特异性修饰的研究提供重要技术支持，能广泛应用在个体发育、衰老和疾病等生命过程的机制研究中，也是各物种甲基化图谱研究的首选方法。全基因组甲基...
全基因组重亚硫酸盐测序甲基化研究的重要技术。尽管已经开发了一系列工具来解决由亚硫酸盐处理引起的比对问题,但尚未对最新可用工具的reads比对性能以及多种哺乳动物的生物学解释(biological interpretation)进行评估。在此基础上,本文对人、牛和猪等三种哺乳动物真实和模拟WGBS生成的14.77 billion reads数据进行936次比对,...
WGBS测序 介绍 WGBS(Whole Genome Bisulfite Sequencing),全基因组DNA甲基化测序被视为DNA甲基化研究的“金标准”,通过重亚硫酸盐(Bisulfite)处理样本DNA,将未甲基化的C碱基转化为U碱基,而甲基化的C碱基则不会改变。在PCR扩增后,U碱基会变成T,与原本甲基化的C碱基区分开,再结合高通量测序技术,可绘制单碱基分辨率...
图1:通过全基因组重亚硫酸盐测序(WGBS)鉴定和表征衰老肝脏中的差异甲基化区域(DMR)。 根据三个基线年龄组(A2R0、A8R0和A16R0)的DNA甲基化水平对CpG频率(frequency)分类直方图,其中X轴显示DNA甲基化水平(从0到100%),Y轴显示CpG事件频率。每个图表表示4个生物学重复的平均值。
全基因组甲基化测序(WGBS,Whole-genome bisulfite sequencing)结合了亚硫酸氢盐转化方法与新一代高通量测序技术,可在单碱基分辨率水平上检测全基因组 DNA 甲基化状态。亚硫酸氢盐处理可以使 DNA 中未发生甲基化的胞嘧啶脱氨基转变成尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶保持不变,PCR 扩增所需片段,则尿嘧啶全部转化成胸腺嘧啶。
WGBS测序技术流程如下: 1. DNA提取:从样本中提取高质量的DNA。这一步骤的关键是确保DNA的完整性和纯度,以减少后续实验中的误差。 2. DNA片段化:使用酶或物理方法将DNA片段化为适当大小的片段,通常为100-500bp。片段化的目的是增加测序的覆盖度和准确性。 3.末端修复:对DNA片段的末端进行修复,使其具有平末端或...
Tn5 Transposase(Tn5转座酶):Tn5转座酶在开放的染色质区域插入,其携带测序接头(adapters),这使得这些区域的DNA片段可以被后续的测序步骤识别和扩增。 Amplifiable Fragments(可扩增的片段):转座酶在开放染色质区域插入接头后,这些区域的DNA片段被剪切并连接上测序接头,从而形成可供扩增和测序的片段。