1. 初末态结构优化 建立两个文件夹ini(初态的意思),fin(末态),每个文件夹放入vasp计算必备的四个文件(INCAR,POSCAR,KPOINTS,POTCAR),其中的两个POSCAR对应未优化的初末态。确保两个文件夹里面除POSCAR外,其他文件完全一样。两个文件夹内分别做结构优化结算。 对于两个POSCAR,注意每一行的原子一一对应。若有固定...
过渡态计算的收敛准则只与力相关,即设置EDIFFG为合理的值即可,在前期试算过程中设置的值为0.02 eV/Å; NEB相关的关键词含义: LCLIMB=.TRUE. #通知VASP使用vtst计算; ICAHIN=0 #通知VASP使用vtst计算; IMAGES=7 #之前添加的图像数量N image number; IBRION =3 #specify that VASP does molecular dynamics; P...
CI-NEB过渡态计算步骤,练习一:O在Au(111)上的迁移 我们用VTST中CI-NEB做示范,(首先要确保编译VASP的时候安装了VTST,否则用的是VASP自带的NEB,非常糟糕)。 步骤一:优化初态和末态结构。FCC位和HCP位。 步骤二:用dist.pl(VTST脚本)检查两个优化后结构(两个CONTCAR)的相似程度(每个对应原子的初末态距离的平方...
dependencies: sources libs 加上之后,退回vasp.6.3.2的包中 make all 编译完成 我参考了以下帖子和教程: (1)VASP6.3.2中VTST插件的编译_vtst编译-CSDN博客 (2)VASP6.3.2 + vtstcode6.3编译出错 - 第一性原理 (First Principle) - 计算化学公社 (3)安装-VASP过渡状态工具 --- Installation — Transition S...
查看是否有vtst:在vasp的bin中输入strings ./vasp_std | grep -i vtst 如果没有,则重编译VASP 1.解压 tar -xvf vasp.5.4.4.tar 2.执行以下命令备份VASP安装包“src”目录下的“chain.F”文件。 cp vasp.5.4.4/src/chain.F vasp.5.4.4/src/chain.F_bak ...
我们用VTST中CI-NEB做示范,(首先要确保编译VASP的时候安装了VTST,否则用的是VASP自带的NEB,非常糟糕)。 步骤一:优化初态和末态结构。FCC位和HCP位。 步骤二:用dist.pl(VTST脚本)检查两个优化后结构(两个CONTCAR)的相似程度(每个对应原子的初末...
在化学动力学研究中，NEB方法（或称CI-NEB方法）被广泛用于计算过渡态。此方法基于Eyring方程，利用势垒与温度决定反应速率的原理。NEB方法的核心思想是通过在初始态与最终态之间插入一系列过渡态结构，模拟分子在反应路径上的变化过程，最终找到从初始状态到最终状态的最低能量路径。在VASP-vtst计算平台中，...
安装VASP中的VTST插件需要一系列步骤,包括确认系统环境和VASP版本、下载VTST软件包、解压、配置接口以及编译安装。以下是详细的步骤说明: 确认系统环境和已安装的VASP版本: 确保你的系统环境(如Ubuntu 22.04)和已安装的VASP版本(如VASP 6.3.2)与VTST兼容。 下载VTST软件包: 前往VTST的官方网站或可信的软件仓库下载...
我在并行超算平台编译好了 VASP-vtst，计算频率等任务均能正常完成，但在Dimer法寻找过渡态时，无法正常...
这样安装的vasp,会出现mpi导致的vasp在运行但是数据不更新的问题。解决办法参考http://bbs.keinsci.com/...