#这个参数的取值介于0到1之间,1表示不允许任何缺失,0表示允许所有样本的基因型都可以缺失 --maf 0.05 ##[针对基因型进行过滤]次等位基因频率<0.05 --mac 3 ##[针对基因型进行过滤]过滤次要等位基因计数小于3的位点 --minQ 30 ##最低质量分数为30的位点 --freq ## 后面不加数字表示单纯计算输出等位基因频...
--maf,--max-mafMinor Allele Frequency二等位基因频率进行过滤,常为--maf 0.05,保留大于0.05的。 --non-ref-af,--non-ref-ac... 保留都是ALT变异的位点。 --mac INT,--max-mac保留Minor Allel Count数大于INT数的位点 --min-alleles 2,--max-alleles 2筛选保留含有2个ALT变异的位点。常用。 根据基因...
6. vcftools在重测序中应用过滤实例 vcftools --gzvcf sample.vcf.gz --recode --recode-INFO-all --stdout\--maf 0.05 --max-missing 0.4 --minDP4--maxDP1000\--minQ30--minGQ80--min-alleles2--max-alleles2|gzip - > sample.clean.vcf.gz 生信软件文章推荐 生信软件1 - 测序下机文件比对结果可视...
–maf <float> MAF最小值过滤 –max-maf <float> MAF最大值过滤 此处省去很多参数,具体参见vcftools官网 根据基因型数值过滤 –min-meanDP<float> –max-meanDP <float>根据测序深度进行过滤 –hwe<float> –max-missing <float>完整度,该参数介于0,1之间 根据材料过滤 –indv –remove-indv –keep<filen...
–max-maf <float> MAF最大值过滤 此处省去很多参数,具体参见vcftools官网 根据基因型数值过滤 –min-meanDP<float> –max-meanDP <float>根据测序深度进行过滤 –hwe<float> –max-missing <float>完整度,该参数介于0,1之间 根据材料过滤 –indv
–maf MAF最小值过滤 –max-maf MAF最大值过滤 此处省去很多参数,具体参见vcftools官网 根据基因型数值过滤 –min-meanDP –max-meanDP 根据测序深度进行过滤 –hwe Assesses sites for Hardy-Weinberg Equilibrium using an exact test, as defined by Wigginton, Cutler and Abecasis (2005). Sites with a p...
这里不明白的参数--maf--max-maf通常会设置最小等位基因频率来过滤vcf文件,但这里设置最大等位基因频率是什么意思?--thin 1000 接下来计算两个不同群体的核苷酸多样性 获得两个不同群体所有的样本名,存入文件中 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 ...
在官网(https://vcftools.github.io/index.html)下载VCFtools安装包,下载地址链接为https://vcftools.github.io/downloads.html,该网页内界面如下所示,方框内为下载按钮。如果点击的是View On GitHub需要进入release中寻找最新版本(https://github.com/vcftools/vcftools/releases/tag/v0.1.16)。
--maf 和 --max-maf用来限定最小等位基因频率(MAF)的范围 --mac 和 --max-mac和上面类似,用来限定最小等位基因的数量 --min-alleles 和 --max-alleles用来限定等位基因的数量,比如这条命令只会保留vcf文件ALT列只有一种碱基的情况。 vcftools --gzvcf combined200.vcf.gz --min-alleles 2 --max-alleles...
maf:第二等位基因频率 min-alleles:最小等位基因个数 max-alleles:最大等位基因个数 哈迪温伯格平衡 hwe filtering(通常在人类中使用) vcftools --vcf root.hic.id.vcf --remove-indels --max-missing 0.8 --maf 0.05 --min-alleles 2 --max-alleles 2 --hwe 0.01 --recode --recode-INFO-all --out ...