1. 下载安装VCFtools 在官网(https://vcftools.github.io/index.html)下载VCFtools安装包,下载地址链接为https://vcftools.github.io/downloads.html,该网页内界面如下所示,方框内为下载按钮。如果点击的是View On GitHub需要进入release中寻找最新版本(https://github.com/vcftools/vcftools/releases/tag/v0.1.16)。
但是vcftools安装确实容易出现各种报错,所以建议用conda来安装: $ conda install-c bioconda vcftools 2. 基础用法 2.1 vcf文件加ID add id.pl拷贝至vcftools/bin目录下 add id.pl是一个老师写的脚本,这里不好直接放上来,所以需要添加id的话,请大家再去查找其他的教程,这里只是我自己做个备份。 perl add_id.pl...
这里,介绍第一篇:vcftools的安装。(当然,最简单的方法是conda安装,这里介绍一下源码编译安装) 1. 下载 https://vcftools.github.io/examples.html 下载到本地,上传到 2. 解压缩 代码语言:javascript 复制 unzip vcftools-vcftools-v0.1.16-18-g581c231.zip cd vcftools-vcftools-581c231/ 3. 安装 代码语言:...
(当然,最简单的方法是conda安装,这里介绍一下源码编译安装) 1. 下载 https://vcftools.github.io/examples.html 下载到本地,上传到服务器中。 2. 解压缩 unzipvcftools-vcftools-v0.1.16-18-g581c231.zip cdvcftools-vcftools-581c231/ 3. 安装 bashautogen.sh ./configure make makeinstall 安装完成日志: ...
这里,介绍第一篇:vcftools的安装。(当然,最简单的方法是conda安装,这里介绍一下源码编译安装) 1. 下载 https://vcftools./examples.html 下载到本地,上传到服务器中。 2. 解压缩 unzip vcftools-vcftools-v0.1.16-18-g581c231.zip cdvcftools-vcftools-581c231/ ...
from bcf_entry.h:10, from bcf_entry.cpp:9: bgzf.h:33:10: fatal error: zlib.h: No such file or directory #include <zlib.h> 1. 2. 3. 4. 5. 6. 还是用conda安装吧: 2. conda安装 代码解读 conda install -c bioconda vcftools 1. 搞定...
可以使用conda直接安装 condainstallvcftools 也有在github上有免编译版本 git clone https://github.com/vcftools/vcftools.git vcftools使用 官方介绍版本 https://vcftools.github.io/man_latest.html#AUTHORS 基本参数 vcftools[--vcf/gzvcf/bcfFILE][--outOUTPUTPREFIX][FILTERINGOPTIONS][OUTPUTOPTIONS]#参数说明#...
vcftools安装流程：利用conda环境进行直接安装是最简便的方式，只需在命令行输入相应命令即可。对于未进行编译的情况，可在GitHub上直接获取免编译版本，满足不同环境需求。使用与参数介绍：详细操作与参数说明在官方文档中能找到，vcftools.github.io/man_...提供了全面指导。基本参数包括但不限于：vcftools...
一、安装 conda install -c bioconda vcftools 二、功能概览 常用功能如下,待具体用到时再做详细补充: Get basic file statistics Applying a filter Writing to a new VCF file Converting a VCF file to BCF Getting allele frequency Getting sequencing depth information ...
vcftools主要处理vcf/bcf文件,包括:过滤(filter) ;变异位点的基本统计;数据格式的转换;多个vcf文件的比较(compare files);集合运算等。 #安装 #傻瓜式安装 conda install -c bioconda vcftools #安装2 官网下载(https://vcftools.github.io/examples.html),下载最新版本, ...