输入安装命令: 在终端中输入以下命令来安装vcftools: bash conda install -c bioconda vcftools 这个命令会从bioconda这个conda频道中下载并安装vcftools及其所有依赖项。 执行命令: 按回车键执行上述命令。 等待安装完成: conda将开始下载并安装vcftools。这个过程可能需要一些时间,具体取决于你的网络连接速度和计算机...
1. 下载安装VCFtools 在官网(https://vcftools.github.io/index.html)下载VCFtools安装包,下载地址链接为https://vcftools.github.io/downloads.html,该网页内界面如下所示,方框内为下载按钮。如果点击的是View On GitHub需要进入release中寻找最新版本(https://github.com/vcftools/vcftools/releases/tag/v0.1.16)。
conda install -y bcftools conda install -y vcftools snpEff conda install -y multiqc qualimap featureCounts 每装一个软件都可以使用--help来查看它是否安装成功,如果弹出帮助信息说明安装成功。
步骤1:安装Miniconda从Anaconda官方网站下载Miniconda安装包。在终端中使用以下命令下载适用于Linux的Miniconda3安装包(以版本号3.10.2为例):wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py310_23.1.0-1-Linux-x86_64.sh步骤2:安装Miniconda在终端中运行以下命令来安装Miniconda:bash Miniconda3-py310_23.1....
$ conda config --setauto_activate_basefalse#conda关闭自动激活base环境,也可使用true重新打开$ conda search augustus#conda搜索安装包$ conda install samtools,vcftools#使用conda一次安装多个软件包$ conda install --file=pkgs.txt#将需要安装的包名依次分行写入pkgs.txt然后一次安装$ conda list# 列出已安装的包...
清华镜像安装 # conda install -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ fastqc conda install bedtools conda install bowtie2 conda install bwa conda install fastqc conda install gatk4 conda install hisat2 conda install multiqc conda install trimmomatic conda install vcftools ...
1. 安装 要确保位于base环境中! conda update -n base conda conda install -n base conda-libmamba-solver 2. 设置libmamba作为默认solver conda config --set solver libmamba 3. 安装软件 conda install vcftools 是不是快了很多??进一步的使用方法请参阅[1][2]。
2.安装WSL 目前WSL支持的Linux发行版包括Debian、Ubuntu、Kali等,对于生物信息学和数据分析的相关需求,个人建议安装Debian,当然其他发行版也是可以的。 WSL可以通过微软应用商店来安装,也可以通过命令行安装,本文使用命令行。 首先打开开始菜单并搜索“终端”,打开Windows终端程序,这个程序会经常用到,建议固定到任务栏。
1conda create -n wes bcftools vcftools python=2bwa2source activate wes 5. 删除环境 1conda env remove -n env_name 6.conda安装/卸载当前channels中不存在的包 1anaconda search -t conda xxx #首先搜索包和对应的channel,注意这里是anaconda,而不是conda2anaconda show rpetit3/aspera-connect #查看包详情...
conda create -n wes bcftools vcftools python=2 bwa source activate wes 5. 删除环境 conda env remove -n env_name 6.conda安装/卸载当前channels中不存在的包 anaconda search -t conda xxx #⾸先搜索包和对应的channel，注意这⾥是anaconda，⽽不是conda anaconda show rpetit3/aspera-connect #查看...