计算过程中,可以用nebef.pl命令(不带参数)查看计算收敛情况。 输出中,第二列即为最大受力(force of images in the neb),第三列为相应结构的能量。 前面INCAR中EDIFFG设置为-0.02(一般结构优化可取-0.02,NEB计算可取-0.03,若模型太大也可放宽至-0.05),表示当所有结构最大力小于0.02eV/A时,结束计算。 另一个...
所以后来,G. Henkelman(VTST的开发者)又发展出了CI-NEB方法,它专门考虑到了定位过渡态问题。CI-NEB与NEB的关键区别是能量最高的点受力的定义,在CI-NEB中这个点不会受到相邻点的弹簧力,避免位置被拉离过渡态,而且将此点平行于路径方向的势能力分量的符号反转,促使此点沿着路径往能量升高的方向上爬到过渡态。 C...
我们用VTST中CI-NEB做示范,(首先要确保编译VASP的时候安装了VTST,否则用的是VASP自带的NEB,非常糟糕)。 步骤一:优化初态和末态结构。FCC位和HCP位。 步骤二:用dist.pl(VTST脚本)检查两个优化后结构(两个CONTCAR)的相似程度(每个对应原子的初末...
表面的能量,包括 h、b 和 t 位置的 Pt-吸附原子 NEB 计算 此处Pt_NEB_fast.tgz 中给出了快速、初步估计的输入(请注意,这种 "quick and dirty" 的设置只适合学习 NEB 计算的设置原理;使用这组最小参数的 NEB 运行的结果不会重现实验发现结果)。因为使用 Pt_NEB.tgz 中解压缩的文件,更耗时, 但更准确的...
NEB计算建议关闭对称性(ISYM = 0 or -1) 类似几何优化,建议逐步优化! start with fast low-precision calculations and gradually improve the precision till desired accuracy is achieved 初末态结构,原子坐标信息注意一一对应 这里有个坑,如果A和B两个构型对应的某个原子分数坐标是0.000000和1.000000,这意味着两者...
CI-NEB方法是对NEB方法做了一些改良，其中最高能量图像被驱动到鞍点处。此图像感觉不到沿能带方向的弹簧力。相反，沿切线显示此图像的真正力是倒置的。通过这种方式，图像尝试最大化其沿能带方向的能量，并最小化所有其他方向的力。当此图像收敛时，该图像所处的位置就是鞍点的确切位置。但是对于NEB的这些改进并没...
【VASP新手教程】8-VASP求过渡态CI-NEB方法教程 | DFT计算, 视频播放量 13025、弹幕量 4、点赞数 160、投硬币枚数 70、收藏人数 537、转发人数 109, 视频作者 计算材料学与机器学习, 作者简介 机器学习,高斯,QE,MS,VASP,CP2K,LAMMPS,GROMACS,分子对接等学习视频!留
计算过程分为以下几个步骤：1. 结构优化：分别对初始态和最终态进行结构优化，确保两个优化后的结构相似度高，一般以小于5A为参考标准。对于特定的系统，如表面扩散问题，需确保固定原子位置一致。2. 插点生成：根据dist.pl的输出结果，决定插点数目。使用nebmake.pl生成一系列过渡态结构，通过线性插值法...
NELM = 100 ISIF = 2 LORBIT = 11 NCORE = 12 NELECT = 1504 IBRION = 3 POTIM = 0 IOPT = 3 ICHAIN = 0 LCLIMB = .TRUE. LCHARG = .FALSE. LWAVE = .FALSE. SPRING = -5 IMAGES = 4 IMAGES = 3 解决方法: 将NELECT 注释掉。
@分子动力学模拟I第一性DFT计算I有限元仿真vasp的neb计算 分子动力学模拟I第一性DFT计算I有限元仿真 vasp的neb计算是用来找过渡态的一种方法。简单来说,就是先对初猜的初态末态结构进行优化,然后在初态末态结构间进行线性插点,接下来准备输入文件并提交任务,在计算过程中可以实时监测,检查是否收敛,最后处理计算...