另一个可以用来观察收敛情况的命令是nebbarrier.pl(同样不带参数直接运行)。该命令没有输出到屏幕的内容,而是生成neb.dat文件。 neb.dat文件第二列表示距离(即临近两结构的dist.pl的计算结果),第三列表示能量(以初态能量为参考值),第四列为力(forces along the neb)。 EDIFFG参数对应的力是nebef.pl输出中的f...
所以后来,G. Henkelman(VTST的开发者)又发展出了CI-NEB方法,它专门考虑到了定位过渡态问题。CI-NEB与NEB的关键区别是能量最高的点受力的定义,在CI-NEB中这个点不会受到相邻点的弹簧力,避免位置被拉离过渡态,而且将此点平行于路径方向的势能力分量的符号反转,促使此点沿着路径往能量升高的方向上爬到过渡态。 C...
我们用VTST中CI-NEB做示范,(首先要确保编译VASP的时候安装了VTST,否则用的是VASP自带的NEB,非常糟糕)。 步骤一:优化初态和末态结构。FCC位和HCP位。 步骤二:用dist.pl(VTST脚本)检查两个优化后结构(两个CONTCAR)的相似程度(每个对应原子的初末...
nebmovie.pl 0 nebspline插值并得到MEP MEP横坐标表示rootsumsquareddistancebetweenconfigurationfiles,每个点代表一种原子分布构型(称之为image) VTST中,mep.eps是以dist.pl距离为横坐标,能量为纵坐标画出的能势垒图 NEB计算INCAR相关参数设置
NEB calculation 10.1 Collective jumps of aPt adatomon fcc-Pt (001): Nudged Elastic Band Calculation 计算Pt在Pt(001)面上的自扩散的能垒:Pt@Pt(001)最稳定的吸附位点是空心(h)位置。吸附原子Pt从空心扩散到相邻空心位点的简单模型包括两条扩散路径:空心-顶部-空心(hth,例如沿[1-10])或空心-桥-空心(hb...
计算过程分为以下几个步骤：1. 结构优化：分别对初始态和最终态进行结构优化，确保两个优化后的结构相似度高，一般以小于5A为参考标准。对于特定的系统，如表面扩散问题，需确保固定原子位置一致。2. 插点生成：根据dist.pl的输出结果，决定插点数目。使用nebmake.pl生成一系列过渡态结构，通过线性插值法...
CI-NEB方法是对NEB方法做了一些改良，其中最高能量图像被驱动到鞍点处。此图像感觉不到沿能带方向的弹簧力。相反，沿切线显示此图像的真正力是倒置的。通过这种方式，图像尝试最大化其沿能带方向的能量，并最小化所有其他方向的力。当此图像收敛时，该图像所处的位置就是鞍点的确切位置。但是对于NEB的这些改进并没...
【VASP新手教程】8-VASP求过渡态CI-NEB方法教程 | DFT计算, 视频播放量 13025、弹幕量 4、点赞数 160、投硬币枚数 70、收藏人数 537、转发人数 109, 视频作者 计算材料学与机器学习, 作者简介 机器学习,高斯,QE,MS,VASP,CP2K,LAMMPS,GROMACS,分子对接等学习视频!留
NELM = 100 ISIF = 2 LORBIT = 11 NCORE = 12 NELECT = 1504 IBRION = 3 POTIM = 0 IOPT = 3 ICHAIN = 0 LCLIMB = .TRUE. LCHARG = .FALSE. LWAVE = .FALSE. SPRING = -5 IMAGES = 4 IMAGES = 3 解决方法: 将NELECT 注释掉。
CI-NEB方法是对NEB方法做了一些改良,其中最高能量图像被驱动到鞍点处。此图像感觉不到沿能带方向的弹簧力。相反,沿切线显示此图像的真正力是倒置的。 通过这种方式,图像尝试最大化其沿能带方向的能量,并最小化所有其他方向的力。当此图像收敛时,该图像所处的位置就是鞍点的确切位置。