计算3×3×1超胞的能带结构。首先，我们利用vaspkit的302功能来生成KPATH.in文件。随后，通过vaspkit的400功能进行超胞的扩展，其中，依次输入的3 0 0；0 3 0；0 0 1这组数值类似于VESTA中的转移矩阵。完成扩胞后，我们可以直接在VESTA中将结果命名为POSCAR并上传，或者选择使用vaspkit，它提供了更为便捷的操作...
根据原胞基矢和正倒格子基矢间对应关系,算出倒格子基矢: 将VASP 计算 band 时的 k 点坐标(分数坐标)转变为笛卡尔坐标: 根据两点间的距离公式,计算出各 K 点之间的距离: 4.6 求每个 K 点的位置值 根据VASP 计算能带时各高对称点间均匀撒点,求出每个点...
VASP计算方法 V ASP计算方法总结1 静态计算 计算方法：IBRION = -1 NSW = 0 2 结构优化 计算方法：①只进行离子弛豫 IBRION = 2 ISIF = 2 ②块体晶格参数优化 IBRION = 2 ISIF = 3 ③二维材料晶格参数优化 1
VASP计算⽅法 V ASP计算⽅法总结1 静态计算 计算⽅法：IBRION = -1 NSW = 0 2 结构优化 计算⽅法：①只进⾏离⼦弛豫 IBRION = 2 ISIF = 2 ②块体晶格参数优化 IBRION = 2 ISIF = 3 ③⼆维材料晶格参数优化 3 表⾯能 计算⽅法：1) 块体晶体晶格参数优化；静态计算；得能量Eb 2) ...
静态计算;得能量 Eb 2) 优化的块体切 slab;静态计算;得 Es1 3) 将 slab 模型离子弛豫;静态计算;得 Es2 4) = (Es1 N *(Eb / n) )/ 2A + (Es2 Es1)/ A 计算步骤:计算步骤: 4 功函数功函数 计算方法:计算方法: 1) 块体晶格参数优化;切 slab 模型;离子弛豫 2) 修改 INCAR(LVHAR = .TRUE....
1.4K20 基因组中的趣事(二)- 最长的基因2.7 million,最短的基因只有8 nt却能编码 外显子数目排第二的基因NEB也是骨骼肌微丝发育相关基因。肌肉的复杂性也许跟这些基因有关系,前面提到的最长的基因、编码转录本最多的基因也有一些是根肌肉发育相关的。...ENST00000615779 312 TTN ENST00000342175 191 TTN ENST0000...
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对倒空间K点的选择 d、POTCAR 计算中,所需元素的赝势文件 如果需要计算不止一个元素则需要把元素的POTCAR合并 cat POTCAR_TaPOTCAR_N > POTCAR e、optimize 这个文件是计算时最重要的文件,是它对计算进行控制。它的内容包括计算时所需的不同的应变值,以及驰豫和计算能量时的两个INCAR文件。它的功能是,(1)对不...
计算的参数,比如k-points或cutoff,肯定是取的越多越准确,但相对的计算量就会增加,为了既保证计算的精确度,又尽可能的减少计算量,所以进行收敛测试,比较不同的参数,所得的两者的差值,差值符合误差的范围,就认为已经收敛。 VASP中收敛测试主要是测试截断能和K点,(注意:按照经验,先优化K点,且根据manu,K<8时优先选...
图三 未掺杂K,Na的表面气体吸附 3.NH3,NO,O2吸附后局部态密度(PDOS)与COHP(晶体轨道哈密顿量布局)分析,这应该是写的比较深入的地方。 图四PDOS和COHP分析 4.分析气体分子吸附后的电荷差分及巴德电荷分析 图五 气体分子吸附后的电荷差分及电子转移分析(bader charge analysis) ...