(1)在Uniprot数据库官网选择Proteomes子库,然后在搜索框输入物种拉丁名(以mus musculus为例,选择Organism ID为10090的小鼠为例); (2)输入mus musculus, (3) 如下所示: (4) (5)如果是序列文件,我们选择下载FASTA格式的文件(FASTA格式的文件可以直接用于数据库匹配,表格格式方便查看)。 4 Uniprot交叉引用数据库 ...
通过EMBL,GenBank,DDBJ等公共数据库得到原始数据,处理后存入UniParc的非冗余蛋白质序列数据库。 UniParc作为数据仓库,再分别给UniProtKB,Proteomes,UniRef提供可靠的数据集。 这里的UniProtKB 由两个子库构成 Swiss-Prot,TrEMBL。 Swiss-Prot 经过人工验证和注释,是高质量的蛋白质注释数据。但人工效率在高速增长的蛋白...
UniParc作为数据仓库,再分别给UniProtKB,Proteomes,UniRef提供可靠的数据集。 这里的UniProtKB 由两个子库构成 Swiss-Prot,TrEMBL。 Swiss-Prot 经过人工验证和注释,是高质量的蛋白质注释数据。但人工效率在高速增长的蛋白质数据面前显得极其低效。因此,注释这些数据需要大量时间,为了弥补这一问题。
其中,红框标注的部分UniProtKB是一个经过专家校验的数据集,包含Swiss-Prot和TrEMBL两部分。其中,Swiss-Prot是一个蛋白质数据库,其中收录的数据是完全人工注释的蛋白数据,诸如蛋白质的功能等信息都是经过了科学家验证的,有60个数据库的交叉引用信息;而TrEMBL则是Swiss-Prot的补充,相比于Swiss-Prot数据库,TrEMBL收录的...
UniProtKB/Swiss-Prot: 高质量的、手工注释的、非冗余的数据集,这些数据都是由质量保证的。 UniProtKB/TrEMBL: 该数据集包含高质量的计算分析结果,需要我们手工注释。 【以下指南来源于老版,使用方法差不多】 检索蛋白 输入关键词 mTOR,点击右上方的 Search 按钮(单击键盘...
常用的UniProtKB由两个子库构成:Swiss-Prot和TrEMBL。其中Swiss-Prot通常来源于已发表的文献,是经过人工验证和注释的高质量和可靠的非冗余蛋白质注释数据,人工注释这些数据效率较低。基于基因组序列由机器自动翻译和预测的蛋白质序列数据库TrEMBL建立弥补了人工注释的不足,并提供了大量新蛋白质信息,但其注释程度不如Swi...
以G6PD蛋白为例，介绍数据库使用。进入网站，首页显示UniProtKB数据集，包括Swiss-Prot和TrEMBL。Swiss-Prot为完全人工注释的蛋白数据库，包含功能等信息；TrEMBL为Swiss-Prot补充，收录未经注释的DNA序列和蛋白序列等。输入G6PD搜索，结果由Swiss-Prot和TrEMBL组成，可按种属分类。选择Human分组，查看不同选项...
Uniprot数据库主要子数据库组成: 以上子数据库间的关系如下:uniprot会收集EMBL,GenBank,DDBJ等公共数据库中的蛋白质序列及功能信息等原始数据,处理后存入UniParc的非冗余蛋白质序列数据库;UniPrc作为数据仓库,再分别给UniProtKB,Proteomes,UNIRef提供可靠的数据集,其中在UniProtKB数据库中Swiss-Prot是由TrEMBL经过手动注释...
该数据库由Swiss-Prot和TrEMBL两个数据库构成。Swiss-Prot数据库代表着高质量、人工注释的、非冗余的数据集，其注释数据的来源于文献研究或校验过（Reviewed）的分析结果。TrEMBL数据库，代表蛋白未经校验（Unreviewed），通过机器对序列进行自行翻译和注释。2. Proteomes 该数据库收录已经完成全基因组测序的物种、序列...
38、lt;j u r z - s ? a q 1231 PM2、在打开的窗口任务栏点击Add,找到所下载的数据库文件即可。Thtrme Prcteam* Dnco>iw«rfito Saardi Alpert Qumtettienf*O»»»ng «VcftncMr Edtcr Adrrnntriticn Todt Mndo<A Mpt w, a v: or 莎:-二 P 口 G R 一 .<(D«彼沖wHT W PMx...