uniprot2gene$Symbol <- str_split(uniprot2gene$`Gene Names`, pattern =" ", n =2, simplify =T)[,1] uniprot2gene["P14678",] id2name <- uniprot2gene[,c(1,3)] head(id2name) id2name["P14678",] 现在有了这个对应关系,那是用uniprot id进行功能富集分析就不在话下了! 友情宣传: 生信...
网络药理学 Part2--成分靶点数据的处理(SWISS、Pharmapper)数据的筛选和uniprot ID的转换 7507 6 1:40:01 App uniprot,omim,drugbank,cytoscape使用 2283 -- 0:38 App 批量下载小分子 3884 -- 5:12 App 在线批量快速Ensembl基因id转symbol,NCBI entrez geneid转symbol 2074 -- 7:28 App F05.蛋白名转化...
蛋白质名称转换为Gene symbol:简单快速将长长的蛋白质名称转换成基因名称,网络药理学蛋白质ID转换,转换率高 1527 -- 1:58 App uniprot数据库下载蛋白序列。 1784 -- 1:16:20 App 生物信息学数据库合集:PDB, genebank, embl, DDBJ, Uniprot, Pubmed 7623 -- 0:55 App 蛋白结构预测及功能初步注释|从序列、...
sessionId=wNQljxzwVv2e&input_page_show_search=on 选择“Multiple proteins”,在右边的框中输入gene symbol,选择物种(小鼠:Mus Musculus;人:Homo species)。点击“search”。 进入新的页面后,点击“continue”。看到生成的蛋白互作图。 可以看到该图的Legend,还可以导出该图。 UniProt数据库: 1. 问题:在UniProt...
下载最新的HGNC symbol,以及对应的ENSG ID,https://www.genenames.org/download/custom/。 Transcript ID isoform ENST 现有的ID都是已知的,由于技术的更新,这部分会飞速更新。 Protein ID Uniprot ID to other ID (ENSG etc.) https://www.uniprot.org/uploadlists/【ID转换】 ...
检索方式 在搜索框中输入Gene symbol、Entrez gene ID、UniProt...,不同癌症中,TMPRSS2基因DNA序列的不同位置发生核苷酸变异。这个图只能看个大概,具体还是到TCGA的官网查看更清晰。TCGA数据库使用。 TissGene的28种癌症类型的体细胞核苷酸变体,X智能推荐
UniProt ID 是指在 UniProt 数据库中为每个蛋白质赋予的唯一标识符。...UniProt ID 的功能和重要性唯一性:UniProt ID 是每个蛋白质条目的唯一标识,用于区分不同的蛋白质。...如何使用 UniProt ID 检索蛋白质信息:在 UniProt 官网(https://www.uni...
我们知道一般做功能富集分析用的都是基因的 symbol 或者 ENTREZID,所以我这里会先将 uniprot_ID 转换为基因symbol 再做。 1、uniprot_ID 转换 基因 symbol 来到uniprot 蛋白数据库官网:https://www.uniprot.org/,以human为例,输入human: 选择这些框框的地方: ...
uniprot2gene$Symbol <- str_split(uniprot2gene$`Gene Names`, pattern =" ", n =2, simplify =T)[,1] uniprot2gene["P14678",] id2name <- uniprot2gene[,c(1,3)] head(id2name) id2name["P14678",] 现在有了这个对应关系,那是用uniprot id进行功能富集分析就不在话下了!
下载最新的HGNC symbol,以及对应的ENSG ID,https://www.genenames.org/download/custom/。 Transcript ID isoform ENST 现有的ID都是已知的,由于技术的更新,这部分会飞速更新。 Protein ID Uniprot ID to other ID (ENSG etc.) https://www.uniprot.org/uploadlists/【ID转换】 ...