单细胞测序 UMI 10X Barcode 为了减少由于扩增引起的误差,人们在一些单细胞测序的步骤中增加了UMI(unique molecular identifiers),UMIs 是由 4-10 个随机核苷酸组成的序列,在 mRNA 反转录后,进入到文库中,每一个 mRNA,随机连上一个 UMI,因此可以计数不同的 UMI,最终计数 mRNA 的数量。 10X genomics单细胞测序通...
10x的UMI是随机序列序列,V2试剂10bp,V3试剂12bp,因此存在4^10或4^12种可能性。以物种人为例,其参考基因组注射已经非常完善,总基因数不足4万,所以10x UMI的种类足以覆盖细胞中全部mRNA。 相关服务: 单细胞测序 提交需求 姓名* 联系类型 * 请选择手机电子邮箱qq微信 ...
10x Genomics Chromium系统利用微流控技术分选单个细胞后将细胞分配到油包水微反应体系中,并通过每个微反应体系中含有的特定DNA标记序列(10X barcode和UMI )区分不同单细胞和转录本,可实现单细胞分辨率上的各类测序。 简介 传统的高通量测序技术被广泛应用于研究不同组织/品种/处理/时间点等样本,但多是反映特定组织/...
Drop-seq Tools Drop-seq Tools是一款用于单细胞RNA测序分析的工具包,尤其擅长处理Drop-seq平台产生的数据。它包含了UMI处理功能,可以帮助用户高效去除PCR扩增重复序列。 功能特点 •专为Drop-seq设计:Drop-seq Tools专门处理Drop-seq测序数据,特别适合大规模单细胞研究。 •UMI去重:它支持UMI去重,确保数据分析时只...
其应用场景包括:1)消除PCR扩增偏差,通过追踪原始分子拷贝数提高数据准确性;2)区分测序错误与真实突变,如肿瘤基因检测中识别低频变异;3)单细胞测序时标记细胞来源,目前主流技术如10x Genomics平台已将其纳入标准流程。 三、中文网络语境延伸 'UMI'作为'有米'的谐音梗流行于中文互联网社群...
在高通量测序中,UMI就像是一个特殊的标签,能帮助我们区分哪些测序读段是真实的,哪些是在聚合酶链反应(PCR)扩增过程中产生的重复序列。这对于提高测序数据的准确性特别重要。而UMI-tools,正是处理这些带有UMI标签数据的一把好手。今天我们就一起来学习UMI-tools。
兼容缓冲液10X 缓冲液 G 对热失活敏感是 最佳反应温度37°C 类型IIS RE否 数量500 units 产品类型限制性内切酶 研究类别传统方法克隆 Unit SizeEach 图表 New sites generated by ligation DNA digest Cleavage site 文件和下载 证书 搜索 批号Certificate TypeDateCatalog Number(s) ...
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Analysing 10X Single Cell RNASeq Data 10x的技术问题: How does Cell Ranger correct barcode sequencing errors? What is a barcode whitelist? 1 2 3 umi_tools extract [OPTIONS] -p PATTERN [-I IN_FASTQ[.gz]] [-S OUT_FASTQ[.gz]] --read2-in=IN2_FASTQ[.gz] --read2-out=OUT2_FASTQ[....