UMI的作用: 通过UMI区分同一基因的多个转录本,消除扩增误差,实现精准定量。 步骤4:文库构建与测序 文库制备: 破坏油滴,收集cDNA。 PCR扩增cDNA,添加 Illumina测序接头(P5/P7)。 生成双端测序文库: Read 1:含Barcode和UMI,用于细胞与分子溯源。 Read 2:含mRNA序列,用于基因比对。 测序平台: 使用
UMI起到的作用,是在经过PCR、再深度测序得到的reads,可以看出哪些reads是来自于一个原始cDNA分子的。用于标记每个独立的RNA分子,这样可以避免在扩增过程中产生的重复序列对分析结果的干扰。 Barcode是每个凝胶微珠的身份证号码;UMI是每个DNA标签分子的身份证号码。 4. 细胞裂解与mRNA捕获 在液滴中,细胞被裂解,释放出...
在UMI序列后面,是Poly(dT)序列。 这段序列起到的作用是与mRNA的Poly(A)尾巴结合,作为逆转录的引物,逆转录出cDNA来。 Ⅱ 芯片上的液流管道 准备好的凝胶微珠,细胞混悬液在第一个十字交叉口,与凝胶微珠混合到一起,然后进入第二个十字交叉口与油相结合。油把凝胶微珠和细胞的混悬液包裹成一个又一个的油包水...
UMI的作用是绝对定量,因为每个mRNA的扩增效率是不一样的,即使两个初始的mRNA表达量一致,在多轮扩增之后,我们也会误认为他们差异表达。UMI通过初始的标记,让我们可以把扩增后序列按照UMI分类计数,就可以知道原始的表达量了。 polydT反转录引物:30nt,作用是与mRNA的Poly(A)尾巴结合,作为逆转录的引物,逆转录出cDNA来...
UMI:用来标记不同的PCR产物(数count) 10xBarcode:用来标记不同的细胞 Sample Index:用来标记不同的样本 Truseq Read 1、2 :用来进行连接beads,cDNA的PCR扩增和加P7接头 P5和P7:用来进行illumina的桥式PCR测序。 在这些序列中,P5、P7、Read 1、2 的序列是已知的 ...
mRNA 与凝胶微珠上带标签的 DNA 分子相结合,在逆转录酶的作用下,逆转录出 cDNA。这样得到的整条 cDNA 分子带有这个微珠所特有的 Barcode,并且每个 cDNA 分子各自还会带有特定的 UMI 标签,两个标签将其与别的 cDNA 分子区分开来。 接下来,把这个乳浊液...
10X genomics 10X genomics 乃是一种分子生物学分析体系,它巧妙地整合了多方面的技术。其中涵盖了带有 DNA 标签的微珠、微滴生成、酶促反应以及高通量测序之后的数据分析等一系列技术环节。其运作基于微流控技术与油包水乳浊液酶反应原理,通过这些技术的有机融合,能够在分子生物学研究领域发挥独特且强大的功能,为诸如...
10x Genomics Chromium系统利用微流控技术分选单个细胞后将细胞分配到油包水微反应体系中,并通过每个微反应体系中含有的特定DNA标记序列(10X barcode和UMI )区分不同单细胞和转录本,可实现单细胞分辨率上的各类测序。 简介 传统的高通量测序技术被广泛应用于研究不同组织/品种/处理/时间点等样本,但多是反映特定组织/...
方案优势 大跨度 Linked-Reads 为 Contig 准确组装成 Scaffold 提供充分支持 仅需构建一个 10X Genomics 文库 , 成本超低 组装算法的优化大幅缩短了组装周期 作为国内第一家引进 10X Genomics 平台的服务商 , 博奥晶典具有丰富的项目经验 对已有基因组序列 , 能够有效延长 Scaffold 长度 方案信息分析内容 重复序列...