conda activate r-reticulate; pip install umap-learn 解决: library(reticulate) py_available() #结果若为FALSE则说明未安装python或python路径不在R的搜索路径中。 use_python("/root/miniconda2/envs/r-reticulate/bin/python", required = T) #填写自己的python路径 二、绘图 library(reticulate) use_python...
umap_learn_args:这个参数就牛了,他可以调用python基于umap-learn训练好的参数。 那么介绍这么参数,怎么取自定义呢。看下实例: 代码语言:javascript 复制 custom.settings=umap.defaults custom.settings$n_neighbors=5custom.settings 我们再看下核心训练函数umap。 其中主要的就是method参数,有两个:naïve纯R语言编写...
R语言Seurat包 RunUMAP函数使用说明返回R语言Seurat包函数列表 功能\作用概述: 运行统一流形近似和投影(UMAP)降维技术。要运行,必须首先安装umap learn pythonpackage(例如,通过pip install umap learn)。有关此软件包的详细信息,请参见:https://github.com/lmcinnes/umap。有关UMAP的数学基础的更深入的讨论,请参阅...
umap_learn_args:这个参数就牛了,他可以调用python基于umap-learn训练好的参数。 那么介绍这么参数,怎么取自定义呢。看下实例: 代码语言:javascript 复制 custom.settings=umap.defaults custom.settings$n_neighbors=5custom.settings 我们再看下核心训练函数umap。 其中主要的就是method参数,有两个:naïve纯R语言编写...
(1) umap是调用python包执行的还是调用 R 包执行的? (2) UMAP的输入可以是PC还可以是基因集 (3) 目前 umap-learn py包支持的距离 2. 源码解析 (1) options("Seurat.warn.umap.uwot") (2) RunUMAP() 泛型函数 (3) RunUMAP.Seurat() 参数解释 (4) RunUMAP.default() (5) todo 3. R tips (...
R语言Seurat包 RunUMAP函数使用说明 功能\作用概述: 运行统一流形近似和投影(UMAP)降维技术。要运行,必须首先安装umap learn pythonpackage(例如,通过pip install umap learn)。 语法\用法: RunUMAP(object, ...) Default S3 method: RunUMAP( object,
其中主要的就是method参数,有两个:naïve纯R语言编写;umap-learn需要调用python包。 我们看下它自带的实例: # embedd iris dataset using defaultsettings iris.umap = umap(iris[,1:4]) # display object summary iris.umap head(iris.umap$layout)#获取数据矩阵 ...
#method 可用的方法是“naive”(用纯R编写的实现)和“umap-learn”(需要python包“umap-learn”) # 查看降维后的结果 head(umap$layout) #提取umap值作图用 df1 <- data.frame(umap$layout) df1$label <- df$label #加入lavle列 colnames(df1) <- c('X','Y','label') #改个列名 不改也行 ...
安装所需的库 我们将首先使用pip安装UMAP库。下面给出的命令可以做到这一点。 代码语言:javascript 复制 !pip install umap-learn 进口所需的库 在这一步中,我们将导入加载数据集和可视化降维所需的库。 代码语言:javascript 复制 importumap from sklearn.preprocessingimportStandardScalerimportmatplotlib.pyplotaspltimp...