自己可以尝试一下安装UMAP:py_install(packages ='umap-learn') 最后是Windows的操作 Windows需要使用conda安装 下载、安装、激活conda就不多说,一切默认、yes即可 然后配置也是类似上面virtualenv # 首先创建一个环境library(reticulate)conda_create("r-reticulate")# 然后安装conda_install(envname="r-reticulate",pac...
"cols4all") library(Seurat) library(cols4all) #install.packages("ggfun") 在安装tidydr之前需要先安装依赖包ggfun才能安装成功 #install.packages("tidydr","dplyr","ggplot2") library(tidydr) library(dplyr) library(ggplot2) #install.packages("umap") library(umap)...
其中主要的就是method参数,有两个:naïve纯R语言编写;umap-learn需要调用python包。 我们看下它自带的实例: 代码语言:javascript 复制 # embedd iris dataset using defaultsettings iris.umap=umap(iris[,1:4])# display object summary iris.umaphead(iris.umap$layout)#获取数据矩阵 最后就是它的预测,其实她...
conda install -n r-reticulate -c conda-forge umap-learn conda activate r-reticulate; pip install umap-learn 解决: library(reticulate) py_available() #结果若为FALSE则说明未安装python或python路径不在R的搜索路径中。 use_python("/root/miniconda2/envs/r-reticulate/bin/python", required = T) #...
所以正确的代码应该是: /Users/test/Library/r-miniconda/bin/pip instal -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple l umap-learn 增加了-i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple这样的镜像设置。
## Seurat提供了几种非线性降维的方法进行数据可视化(在低维空间把相似的细胞聚在一起),比如UMAP和t-SNE,运行UMAP需要先安装'umap-learn'包,这里不做介绍,两种方法都可以使用,但不要混用,如果混用,后面的结算结果会将先前的聚类覆盖掉,只能保留一个。 ## 这里采用基于TSNE的聚类方法。 pbmc <- RunTSNE(pbm...
umap_learn_args:这个参数就牛了,他可以调用python基于umap-learn训练好的参数。 那么介绍这么参数,怎么取自定义呢。看下实例: 代码语言:javascript 复制 custom.settings=umap.defaults custom.settings$n_neighbors=5custom.settings 我们再看下核心训练函数umap。
所以正确的代码应该是: /Users/test/Library/r-miniconda/bin/pip instal -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple l umap-learn 增加了-i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple这样的镜像设置。
# UMAP my.obj <- run.umap(my.obj, dims = 1:10, method = "naive") # or # my.obj <- run.umap(my.obj, dims = 1:10, method = "umap-learn") # diffusion map # this requires python packge phate # pip install --user phate ...
UMAP包 r语言 r语言vgam包 导读本文整理了R语言绘图中使用频率较高的程序包,每个程序包都附载相应的参考来源链接(链接里有实现绘图的脚本)和下载链接。另:茗创科技为大家提供免会员极速下载服务,需要相应程序包的小伙伴可以私信茗创科技周翊工程师,微信号MCKJ-zhouyi或17373158786。gganimate:在R中绘制动态图...