UKB-PPP pQTL数据非常不友好，下载下来是不能直接分析的，因为数据按照染色体分开存放的，更惨的就是没有提供rs开头的SNP ID，根本没有办法分析。既然下载好的数据是分开的，又没有SNP ID，想进行数据分析必须进行数据合并和SNP ID转换，这个就麻烦了，因为这些操作需要大量的硬盘空间、强大的CPU、内存，普通电脑根本...
UKB-PPP pQTL数据非常不友好,下载下来是不能直接分析的,因为数据按照染色体分开存放的,更惨的就是没有提供rs开头的SNP ID,根本没有办法分析。 既然下载好的数据是分开的,又没有SNP ID,想进行数据分析必须进行数据合并和SNP ID转换,这个就麻烦了,因为这些操作需要大量的硬盘空间、强大的CPU、内存,普通电脑根本无从...
UKB-PPP pQTL数据非常不友好,下载下来是不能直接分析的,因为数据按照染色体分开存放的,更惨的就是没有提供rs开头的SNP ID,根本没有办法分析。 既然下载好的数据是分开的,又没有SNP ID,想进行数据分析必须进行数据合并和SNP ID转换,这个就麻烦了,因为这些操作需要大量的硬盘空间、强大的CPU、内存,普通电脑根本无从...
10月份Nature发布了UK biobank的蛋白质组学pQTL数据数据(UKB-PPP)原文链接:https://www.nature.com/articles/s41586-023-06592-6数据质量依然非常好,有多祖先的数据,每种数据里有2940个蛋白的pQTL,下载链接:https://www.synapse.org/...
UKB-PPP pQTL数据非常不友好,下载下来是不能直接分析的,因为数据按照染色体分开存放的,更惨的就是没有提供rs开头的SNP ID,根本没有办法分析。 既然下载好的数据是分开的,又没有SNP ID,想进行数据分析必须进行数据合并和SNP ID转换,这个就麻烦了,因为这些操作需要大量的硬盘空间、强大的CPU、内存,普通电脑根本无从...
1.下载解压合并和转化SNP,暴露数据直接拿去用[118.UKB_PPP数据(pQTL)下载和暴露处理(M80)] 42 0 03:39 App 11.GO富集分析【英国UKB_PPP数据1923个蛋白(pQTL)孟德尔随机化(生信私学M81)】 99 0 02:21 App 07.取冰岛pQTL与乳酸化交集数据 481 0 13:47 App 01.课程简介【115.多组学eQTL/pQTL 孟德尔随...
由于基因变异理论上可以通过改变蛋白构想来影响抗体结合,研究团队进一步通过评估表位效应研究ExWAS Cis-CDS pQTL中可能才生的偏差程度。其中,通过Olink蛋白组学独立发现了5种含有Cis-CDS的蛋白标志物,包括APOA1、CST3、GOT1、LPA和SHBG,并进一步证明了cis-CDS pQTL富集了生物学的相关信号。
现在来看看这个问题,首先我们可以百度一下UKB-PPP pQTL找到下载的网址,具体如下:https://www.synapse.org/Synapse:syn51364943/wiki/622119 登录后可查看图片 需要用邮箱注册一个账号,然后登录进去,点击Files就可以进入如下的界面就可以找到了下载的地方: 登录后可查看图片 登录后可查看全文...
文中首次披露针对54,306参与者的蛋白组学和基因测序的数据进行pQTL(Protein Quantiative Trait Loci)Mapping分析,通过对1,463蛋白标志物的研究,发现了10,248个主要遗传关联,其中85%之前尚未有过报道。 ” Olink首席执行官Jon Heimer表示:这项由UKB-...
###UKBPPP数据处理### folder_path <- "D:/mendelian_randomization/brugada syndrome/ukbPPP蛋白靶点鉴定/ukbppp下载欧洲/YY1_P25490_OID30446_v1_Inflammation_II/" untar(tar_file) files <- l…