然后在网页里输入 https://storage.googleapis.com/finngen-public-data-r9/summary_stats/finngen_R9_O15_PRE_OR_ECLAMPSIA.gz就可以直接下载了 如果换别的数据库的话,直接把O15_PRE_OR_ECLAMPSIA换成其他的就行 UKB的数据库可以从GAWS里面下载 (https://www.ebi.ac.uk/gwas/downloads/summary-statistics) ...
一般,孟德尔随机会用UKB的数据作为训练集,用芬兰的数据库作为验证集,如果想直接在R语言里面用在线的数据库的话,可以直接用IEU数据库( IEU OpenGWAS project)找到相应的数据集名称即可。下面讲一下如何下载具…
UKBB-gwas数据被很多汇总数据库收纳，最出名的当属IEU OPEN GWAS（https://gwas.mrcieu.ac.uk/）。使用IEU调取UKB-gwas比较简单，直接搜索表型，然后UKBB的也会被搜索出来，通过ID直接调取就好了，IEU已经对数据重新进行了质控和检验，所需要的变量都应经存在。GWAS Catalog数据库也纳入了很多UKB数据(https://www...
孟德尔随机实验通常使用英国生物库(UKB)数据作为训练集，芬兰数据库作为验证集。若在R语言中直接利用在线数据库，可访问IEU数据库(IEU OpenGWAS项目)查找所需数据集名称。具体下载方法如下：芬兰数据库中，选择数据库网址（如Risteys FinnGen R11 + FinRegistry - O15_PRE_OR_ECLAMPSIA），当前已更新至...
01.课程简介【英国UKB_PPP数据1923个蛋白(pQTL)孟德尔随机化(生信私学M81)】 175 0 11:24 App 1.下载解压合并和转化SNP,暴露数据直接拿去用[118.UKB_PPP数据(pQTL)下载和暴露处理(M80)] 2363 0 05:35 App 12.共定位分析(coloc包)【药物靶点孟德尔随机化(共定位/eQTL)】 195 0 02:21 App 03.乳酸...
其中就包含对这一个UKB-PPP最新数据的使用,大家无需繁琐的下载和处理过程,可以通过先锋计划直接快速提取该数据用于孟德尔随机化分析以及GWAS相关研究的分析,可以支持顺式反式、正向反向分析、多种条件分析等!还有更多持续更新的高质量数据可...
.英国生物库演示用户指南:入门 1 简介 英国生物库拥有2006年至2010年间在英国招募的50万40-69岁参与者(男女人数大致相等)的前所未有的数据。展示(可在http://www.ukbiobank.ac.uk)旨在以全面简洁的方式提供可用于健康相关研究的数据,并为考虑申请使用该资源的...
GWAS数据库+孟德尔随机化,轻轻松松拿下7分+ 72 -- 0:22 App “神刊”!“网Y+分子对接+体内外实验”一举拿下6分+ 147 -- 0:18 App 孟德尔+多组学+共定位,0实验也能拿下9分 333 -- 0:24 App 中山大学赢麻了!孟德尔随机化高分发文,仅3图2表0实验,喜获10+ 71 -- 0:19 App 21+高分文章...
我使用的是UKBB GWAS Imputed v3 - File Manifest Release 20180731 - Google 表格(也需要科学上网才能连接) 这个数据中在manifest中检索(Ctr+F)检索框中输入疾病,将疾病对应的行拉至后边看到wget,复制链接在服务器上下载。同时在README中找到variants.tsv.bgz , ...
来自nature的ukb的21个社会行为特征数据 2023年7月一篇在 Nature Human Behaviour 期刊发表的研究指出,当前的UKB数据用于MR分析时,可能忽略了社会行为学对GWAS的影响。许多常研究的因素会影响研究参与 - 医工科研-孟德尔随机化于20240525发布在抖音,已经收获了1591个喜