GWAS catalog数据下载 玻璃心up主 1.8万4 14:01 玻璃心up主 17:21 GWAS数据下载介绍——孟德尔随机化分析必备技能 医工科研UKB孟德尔 13:33 倾吾丶 04:57 49.芬兰FinnGen数据(GWAS)下载和处理【孟德尔随机化分析之芬兰FinnGen数据】 生信私学 01:11
一般,孟德尔随机会用UKB的数据作为训练集,用芬兰的数据库作为验证集,如果想直接在R语言里面用在线的数据库的话,可以直接用IEU数据库( IEU OpenGWAS project)找到相应的数据集名称即可。下面讲一下如何下载具…
UKB数据库的数据获取： 访问IEU OpenGWAS项目：在R语言中，可以通过访问IEU OpenGWAS项目来查找UKB数据库中的所需数据集。 搜索并选择研究项目：在IEU OpenGWAS项目中，搜索感兴趣的研究项目，并选择相应的研究项目。 下载数据：点击“studies accession”查看研究项目详情，对于提供下载链接的研究，点击“F...
孟德尔随机实验通常使用英国生物库(UKB)数据作为训练集，芬兰数据库作为验证集。若在R语言中直接利用在线数据库，可访问IEU数据库(IEU OpenGWAS项目)查找所需数据集名称。具体下载方法如下：芬兰数据库中，选择数据库网址（如Risteys FinnGen R11 + FinRegistry - O15_PRE_OR_ECLAMPSIA），当前已更新至...
UKBB-gwas数据被很多汇总数据库收纳，最出名的当属IEU OPEN GWAS（https://gwas.mrcieu.ac.uk/）。使用IEU调取UKB-gwas比较简单，直接搜索表型，然后UKBB的也会被搜索出来，通过ID直接调取就好了，IEU已经对数据重新进行了质控和检验，所需要的变量都应经存在。GWAS Catalog数据库也纳入了很多UKB数据(https://www...
其中就包含对这一个UKB-PPP最新数据的使用,大家无需繁琐的下载和处理过程,可以通过先锋计划直接快速提取该数据用于孟德尔随机化分析以及GWAS相关研究的分析,可以支持顺式反式、正向反向分析、多种条件分析等!还有更多持续更新的高质量数据可...
在本研究中,作者首先对来自GWAS汇总级数据进行处理,采用双样本孟德尔随机化(MR)来分析研究伴侣特征的相似性。通过直接和间接的分析,探讨了跨特质伴侣的相似性是如何出现的。最终结果显示了间接分类增加观察到的伴侣相似性的机制。(PS:没有思路、不知道怎么创新的宝子们,记得来找光宝哦,超多个性化思路等你来拿!)...
在UKB官网上下载这个文件,后续在R中操作即可 代码如下 可以看到ifo(variants.tsv.bgz数据)有13791467行 out<-fread("F:/blood/XXXXX.gwas.imputed_v3.both_sexes.tsv",header = T) head(out) ifo <- fread("F:/blood/variants.tsv/variants.tsv",header = T) head(ifo) transform <- ifo[,c(1,2,...
近日,中国科学技术大学团队、阿里巴巴团队联合美国北卡罗来纳大学团队,通过整合来自英国生物银行的多模态数据,提出了可预测和评估1560种疾病健康风险的综合框架UKB-MDRMF。与单一疾病模型不同,UKB-MDRMF结合了多发病机制,具有更高的预测准确性,在所有疾病类型的风险评估中都表现更好。研究团队利用UKB-MDRMF预测和评估了...
.英国生物库演示用户指南:入门 1 简介 英国生物库拥有2006年至2010年间在英国招募的50万40-69岁参与者(男女人数大致相等)的前所未有的数据。展示(可在http://www.ukbiobank.ac.uk)旨在以全面简洁的方式提供可用于健康相关研究的数据,并为考虑申请使用该资源的...