孟德尔随机化--GWAS/finn/ukb等数据的下载 2.6万播放 文献管理软件Zotero详细教程四(如何实现与坚果云的云同步) 9.6万播放 文献管理软件Zotero详细教程二(文献的下载导入) 3.8万播放 Meta分析教程:医学文献数据库PubMed实用检索技巧,检索词汇极多时快速生成检索式的方法,杏花开医学统计,陈老师spss数据分析 1.7万播放 ...
这次主要分享一下如何查找数据,特别是做GWAS时需要下载哪些数据。首先,我要提醒大家,下载UKB的基因型数据时一定要小心,不要下载错了!我最近就遇到了一位朋友下载了错误的数据集,结果白白浪费了时间。在查找数据时,建议大家参考一些文献,里面的方法描述非常详细,适合反复阅读。例如,我这次以一个实际案例为例,重点分享...
我们可以看到，一个表型更具数据类型，性别做了6次GWAS分析，这是UKB原始库最大的特点，当我们的疾病和性别有关系时候那么选择UKB原始数据再好不过。性别很好理解，但是irrt和raw数据有什么区别，这里使用表型Food weight 来一探究竟，分别下载下载双性别irrt和raw数据。1服务器下载:23wget https://broad-ukb-sumstat...
孟德尔随机实验通常使用英国生物库(UKB)数据作为训练集，芬兰数据库作为验证集。若在R语言中直接利用在线数据库，可访问IEU数据库(IEU OpenGWAS项目)查找所需数据集名称。具体下载方法如下：芬兰数据库中，选择数据库网址（如Risteys FinnGen R11 + FinRegistry - O15_PRE_OR_ECLAMPSIA），当前已更新至...
孟德尔随机实验中UKB和芬兰数据库的数据获取方法如下：UKB数据库的数据获取： 访问IEU OpenGWAS项目：在R语言中，可以通过访问IEU OpenGWAS项目来查找UKB数据库中的所需数据集。 搜索并选择研究项目：在IEU OpenGWAS项目中，搜索感兴趣的研究项目，并选择相应的研究项目。 下载数据：点击“studies accession...
其中就包含对这一个UKB-PPP最新数据的使用,大家无需繁琐的下载和处理过程,可以通过先锋计划直接快速提取该数据用于孟德尔随机化分析以及GWAS相关研究的分析,可以支持顺式反式、正向反向分析、多种条件分析等!还有更多持续更新的高质量数据可...
.英国生物库演示用户指南:入门 1 简介 英国生物库拥有2006年至2010年间在英国招募的50万40-69岁参与者(男女人数大致相等)的前所未有的数据。展示(可在http://www.ukbiobank.ac.uk)旨在以全面简洁的方式提供可用于健康相关研究的数据,并为考虑申请使用该资源的...
MR是工具变量(IV)分析的一个特殊情况,遗传标记被用来作为工具来推断因果关系。由于出生时基因变异的随机分配,MR可以推断暴露和结果之间的因果关系,避免反向因果关系和混淆。在本研究中,作者首先对来自GWAS汇总级数据进行处理,采用双样本孟德尔随机化(MR)来分析研究伴侣特征的相似性。通过直接和间接的分析,探讨了跨特质...
在UKB官网上下载这个文件,后续在R中操作即可 代码如下 可以看到ifo(variants.tsv.bgz数据)有13791467行 out<-fread("F:/blood/XXXXX.gwas.imputed_v3.both_sexes.tsv",header = T) head(out) ifo <- fread("F:/blood/variants.tsv/variants.tsv",header = T) head(ifo) transform <- ifo[,c(1,2,...
一般,孟德尔随机会用UKB的数据作为训练集,用芬兰的数据库作为验证集,如果想直接在R语言里面用在线的数据库的话,可以直接用IEU数据库( IEU OpenGWAS project)找到相应的数据集名称即可。下面讲一下如何下载具…