UK Biobank(英国生物样本数据库),简称为UKB,UKB生物数据库是由维康信托基金和英国政府(医学研究委员会、卫生部和苏格兰行政院)资助,并注册成为一家慈善公司。该生物数据库是一个试点项目,目的是将英国电子医疗记录中的数据与遗传数据联系起来,从而建立一个更全的英...
研究者在申请 UK Biobank 研究数据和生物样本前,需在 UK Biobank 官方网站注册一个 Access Management System(AMS)账号。 登陆UK Biobank 官方网站(https://www.ukbiobank.ac.uk/),进入网站后选择「Research login」。 图片来源:网页截图 点击进入 UK Biobank 的「Research login」,即可进入可转至 UK Biobank Acc...
Research Analysis Platform(简称RAP,地址:ukbiobank.dnanexus.com/)是UKB与AMS和DNAnexus合作推出的云计算平台,功能强大,是未来数据分析和计算的趋势。 【注意1】UKB影像数据下载使用前提:具备UKB Tier 3数据权限(9000英镑档)。 【注意2】UKB分配给每个所申请项目Project中的eid都是随机生成的,不同项目之间无法根据...
在RAP系统中，用户需登录并进入目标Project，找到Bulk文件夹，按照Brain MRI、Heart MRI、Whole Body DXA等类别查找数据。以提取Brain MRI影像数据为例，用户需进入dMRI子文件夹，文件命名格式为7位数字_5位数字_1位数字_1位数字，其中7位数字代表个体的eid，5位数字是Data Field ID。用户随意选择一个...
The descriptive statistics (mean and standard deviation) of each measure were extracted from the UK biobank’s showcase (https://biobank.ndph.ox.ac.uk/showcase/) searching for their data field ID (UKB_ID in Table S1). The descriptive statistics from “Instance 2: Imaging visit (2014+)”...
Across all 462,666 individuals with both telomere length measurements, we used the R built-in function ‘prcomp’ to combine the adjusted TelSeq and adjusted T:S ratio qPCR (UKB field ID 22191) inverse normal, transformed telomere length estimates. Each PCA consisted of two orthogonal principal...
如果你的UK Biobank项目申请Proposal已经成功获批,那么接下来就进入到了数据下载和使用阶段。UKB目前与AMS和DNAnexus合作,建立了云计算平台Research Analysis Platform(简称RAP,地址:ukbiobank.dnanexus.com/),所有项目申请获批的研究人员都可以直接使用!本次推送介绍如何在RAP系统中创建项目并下载所需变量。 【注意】RAP...
(6)考虑到一些参与者的饮食可能会频繁变化,我们使用UK Biobank提供的关于报告饮食是否典型的信息,对那些表明他们报告的饮食是典型的参与者进一步重复分析(Field: 100020)。(7)考虑到由于缺少体育活动数据而被排除在外的人群比例较大,我们将这组缺少体育活动数据的参与者重新纳入分析。我们将他们归类为“缺少”体力活动...
cancers, we obtained standard PRS for five specific cancers—colorectal cancer (Field ID: 26,218), breast cancer (Field ID: 26,220), ovarian cancer (Field ID: 26,232), melanoma (Field ID: 26,252), and prostate cancer (Field ID: 26,267)—from genomics data in the UK Biobank. ...
Raw data were extracted from the UK Biobank under Application Number 25331. For a description of the field codes and instances used, refer to Supplementary Table4. Data were re-coded to remove missing data and uninformative responses (e.g., “I don’t know” or “I would rather not answe...