利用UCSF Chimera分析蛋白蛋白相互作用界面作用力的步骤如下：导入结构文件：从PDB数据库下载目标蛋白蛋白复合物的结构文件，例如1AVX。在Chimera中，通过“File>Fetch by ID”或命令行工具导入该结构文件。区分并选择链：将参与相互作用的蛋白链以不同颜色区分，以便于观察和分析。选取相互作用距离小于5?的...
下载链接如下:https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download.html 下载完成后全部默认安装即可 基本操作 UCSF Chimera的基本操作与PyMOL大致相同,首先准备好一个PDB文件。我们以HBB蛋白为例,使用UCSF Chimera打开,默认结构为ribbon。 使用鼠标左键转动蛋白结构,按住鼠标右键可以进行放大和缩小,按住鼠标滑轮可以进行平移。
下载链接如下:https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/download.html 下载完成后全部默认安装即可 基本操作 UCSF Chimera的基本操作与PyMOL大致相同,首先准备好一个PDB文件。我们以HBB蛋白为例,使用UCSF Chimera打开,默认结构为ribbon。 使用鼠标左键转动蛋白结构,按住鼠标右键可以进行放大和缩小,按住鼠标滑轮可以进行平移。按...
本期内容一木为大家分享使用UCSF Chimera来制作分子动力学轨迹动画。打开Chimera软件,在菜单栏点击“Tools>MD/Ensemble Analysis>MD Movie”打开Get Ensemble Info对话框,在该对话框中导入分子动力学产生的轨迹文件。在Traject formast选项的下拉菜单中选择进行分子动力学计算的程序,可支持Amber...
本期内容一木为大家分享使用UCSF Chimera分析蛋白-蛋白相互作用分析。我们以猪胰蛋白酶(链A)和大豆胰蛋白酶抑制剂(链B)复合物结构为例为大家进行演示。PDB ID为1AVX,复合物结构下载后经过预处理(加氢、去水、补全缺失残基、能量最小化等)并保存为1AVX.pdb文件。当然,也可直接在PDB数据库中下载结构,打开UCSF Chim...
UCSF Chimera分析蛋白-蛋白相互作用分析。我们以猪胰蛋白酶(链A)和大豆胰蛋白酶抑制剂(链B)复合物结构为例为大家进行演示。PDB ID为1AVX,复合物结构下载后经过预处理(加氢、去水、补全缺失残基、能量最小化等)并保存为1AVX.pdb文件。当然,也可直接在PDB数据库中下载结构,打开UCSF Chimera...
在UCSF Chimera中，以HBB蛋白为例，打开默认为ribbon结构的PDB文件。使用鼠标进行旋转、放大、缩小和平移操作。点击操作可查看蛋白序列，选择并调整α螺旋区域颜色，设置背景颜色，并显示或隐藏蛋白质的特定区域。以HSPA1L蛋白为例，打开两个蛋白结构（一个为原始，一个为突变），通过“File→Open”功能进行...
利用UCSF Chimera分析蛋白-蛋白相互作用界面作用力UCSF Chimera是一个强大的工具，用于深入理解蛋白-蛋白相互作用的细节。本文以猪胰蛋白酶链A（1AVX中的链A）与大豆胰蛋白酶抑制剂链B的复合物为例，讲解如何通过软件进行分析。首先，从PDB数据库下载1AVX结构文件，预处理后保存为1AVX.pdb。在Chimera中，...
UCSF Chimera是一款专业的分子模拟软件,软件内置了丰富实用的分析工具模块,可以用于分析密度图、超分子组件、构象整体、轨迹、对接结果和序列比对等操作,被广泛用于分子结构和相关数据的交互可视化分析,支持生成图像和动画! UCSF Chimera软件特色 1、UCSF Chimera官方版提供了一组有用的特性和清晰的界面。
UCSF Chimera的基本操作与PyMOL大致相同,首先准备好一个PDB文件。我们以HBB蛋白为例,使用UCSF Chimera打开,默认结构为ribbon。 使用鼠标左键转动蛋白结构,按住鼠标右键可以进行放大和缩小,按住鼠标滑轮可以进行平移。 按照如下顺序点击,可查看蛋白序列 选择该蛋白的α螺旋区域,并调整该区域的颜色 ...