第一种,进入下方提供的官方教程页面后选择自己感兴趣的部分进入,打开ChimeraX,在命令行中粘贴并回车。后续的操作也都可以按照复制粘贴的思路。 UCSF ChimeraX Tutorialswww.rbvi.ucsf.edu/chimerax/tutorials.html 图1. 官网教程示例 图2. ChimeraX的操作界面(Windows) 第二种
第一种，进入下方提供的官方教程页面后选择自己感兴趣的部分进入，打开ChimeraX，在命令行中粘贴并回车。...
在上述指令中，“8.0”代表盒子中心至边缘的距离设定为8.0埃，这一数值可根据实际对接分子的尺寸进行调整。执行完相关命令后，将生成一个名为“rec_box.pdb”的文件，该文件记录了对接过程中使用的盒子信息。利用Chimera软件打开该文件，可以直观地查看盒子的三维结构。5. 配置生长格点 在DOCK6中，格点生长打分函数...
求助求助，有没有大神知道用UCSF Chimera软件如何做静电相互作用图吗？为什为按照人家的教程做不出来呢？
UCSF Chimera官方电脑端使用方法 1、通过点击或双击嵌合体图标(取决于它的位置)来启动嵌合体。通常,这个图标将出现在桌面上。Cimela可执行文件也可以从其安装位置运行。 2、将出现一个飞溅屏幕,在几秒钟内由包含图形显示或最近使用的文件的快速访问列表的主嵌合体窗口替换(这并不重要,因为打开一个结构将自动将显示...
UCSF DOCK6.8对接教程之准备受体和配体文件 查看原文 蛋白-小分子对接 的X-ray晶体结构(PDB 编号:4RV6,分辨率:3.19 Å),以第一个构象作为受体结构。 [1].采用UCSFChimera软件建立化合物1的三维结构,并进行能量优化。 [2,3...,5].X-ray晶体结构显示有1个合理的结合位点,对于该结合位点,使用sphgen模块生成...
UCSF Chimera官方版是一款相当高效的实用型分子模拟工具,UCSF Chimera最新版功能强劲,能够帮助用户轻松进行分子结构和相关数据的交互可视化分析,UCSF Chimera软件便捷好用,支持分析的数据包括密度图,超分子组合,顺序排列,对接结果等,软件还支持生成图像和动画。 UCSF Chimera软件特色 1、UCSF Chimera官方版提供了一组有用的...
??UCSF Chimera是一款功能十分全面也很受大众喜欢的一款操作软件。UCSF Chimera的分子模拟的操作系统十分的强大,可以分析对接的结果还有顺序的排列。 功能介绍: 1、强大的轴、平面和质心功能,轴可以表示为圆柱体,平面表示为圆盘,质心表示为球体,这些都可以用于距离和角度测量。
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本教程在Ubuntu下完成,所需软件有 Chimera, 必须 UCSF DOCK6,必须 dms,可选 1 准备受体文件 通过网络获取PDB编号为1FPU的Abl与imatinib的晶体复合物,File—Fetch by ID—PDB—Fetch输入编号1fpu,点击Fetch获取结构文件 选中B链,Select—Chain—B ,然后Actions—Atom/Bonds—Delete删除B链,保留A链,并且保存为1fpu...