也可以在本地安装UCSC基因组浏览器,用于测序数据可视化 (三) - UCSC genomebrowser。 然后就是隆重出场的UCSC Xena了。 UCSC Xena功能基因组浏览器是集分析、可视化、Galaxy与一体的新一代在线数据分析和可视化平台。现有91个队列的1098个公共数据集包括 TCGA, ICGC, TARGET, GTEx, CCLE等都进行了标准化处理。因此...
2.2 选择想要分析的变量 在分析数据选择方面的话,UCSC XENA还是主要基于某一个基因或者一段染色体区域来进行分析的,所以我们在使用UCSC XENA的分析的时候是需要要自己想要分析目标的,这个和ICGC查看所有所有结果是不一样的。 这里我们来假设想要查看TP53在临床分级当中的表达差异。 2.2.1 选择表达数据 对于数据集选择的...
好用的TCGA分析工具:UCSC Xena TCGA应该是肿瘤数据最权威的来源之一,但是利用TCGA项目产生的数据进行分析上手难度是比较高的,但是有很多针对TCGA数据进行二次开发的衍生网站,UCSC Xena就是很直观强大的一个在线网站。虽然相对于大多数TCGA衍生网站,UCSC Xena的学习成本相对较高,但是如果你研究的方向和肿瘤相关,那么对UCS...
【导读】多组学和表型数据的不断生成,正在推动精准肿瘤学的进步。UCSCXenaShiny是作为一种交互式工具开发的,用于探索UCSC Xena上可用的数千个癌症数据集。然而,其全面和个性化的泛癌种数据分析能力,正受到不断增长的需求的挑战。在这项研究中,团队介绍了UCSCXenaShiny
UCSC Xena是一个对TCGA数据进行二次开发的衍生网站,支持数据分析功能以及可视化,还收集了GTEx、ICGC、TARGET等多个数据库的公共数据,数据的下载和处理简单易上手。 小云今天就借这篇37+的高分文章和大家一起来学习一下吧!这项研究探讨了单个蛋白BNIP3的肿瘤预后分子机制。基于UCSC Xena下载的数据,利用R语言分析,对33...
UCSC Xena是一个癌症基因组学数据分析平台,支持对癌症样本的多种组学数据进行可视化和分析,网址如下 https://xenabrowser.net/ 该平台内置了一些公共数据集,比如来自TCGA, ICGC等大型癌症研究项目的数据,不仅可以对数据进行分析,而且还提供了对应文件的下载功能。同时还支持对自己的数据进行分析,而且保证了数据的安全性...
UCSCXena是一个多组学数据存储库,汇集了来自多个知名癌症研究项目的数据,如癌症基因组图谱(TCGA)和癌细胞系百科全书(CCLE)。其能力不仅仅在于数据的数量,更在于数据分析的深度与灵活性。UCSCXenaShinyv2作为该平台的一次重大更新,针对初版的局限性进行了多方面的改进,使得研究者能够更加方便地进行个性化的数据分析与探索...
UCSC Xena(https://xena.ucsc.edu/)是一个存储肿瘤多组学和表型数据集的资源库,这些数据集来自著名的癌症研究项目,如癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)、全基因组癌症分析项目(Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes,PCAWG)和癌症细胞系百科全书(Cancer Cell Line Encyclopedia,CCLE)(统称为TPC),以及来...
UCSC Xena是由加州大学圣克鲁兹分校(University Of Cingifornia Sisha Cruz,UCSC)维护的数据库,前身是癌症基因组浏览器Cancer Browser ,虽然其目前已经不再更新,但其中的RNA-Seq数据仍然具有潜在价值,可供我们…
UCSC Xena数据库中下载TCGA数据,其中包括了两个数据来源:GDC Hub(GDC TCGA COAD)与TCGA hub(TCGA COAD)。这两个来源的数据有何区别呢?下面以结肠癌COAD数据集为例: 1.数据更新时间不同。 GDC Hub与TCGA hub中数据更新时间不同,并且目前两种数据都不是TCGA官方数据库中最新版本数据(最新版为2023.12.4的v39.0)...