UCSC Xena是由加州大学圣克鲁兹分校(University Of Cingifornia Sisha Cruz,UCSC)维护的数据库,前身是癌症基因组浏览器Cancer Browser ,虽然其目前已经不再更新,但其中的RNA-Seq数据仍然具有潜在价值,可供我们…
UCSC Xena是一个癌症基因组学数据分析平台,支持对癌症样本的多种组学数据进行可视化和分析,网址如下 https://xenabrowser.net/ 该平台内置了一些公共数据集,比如来自TCGA, ICGC等大型癌症研究项目的数据,不仅可以对数据进行分析,而且还提供了对应文件的下载功能。同时还支持对自己的数据进行分析,而且保证了数据的安全性...
也可以在本地安装UCSC基因组浏览器,用于测序数据可视化 (三) - UCSC genomebrowser。 然后就是隆重出场的UCSC Xena了。 UCSC Xena功能基因组浏览器是集分析、可视化、Galaxy与一体的新一代在线数据分析和可视化平台。现有91个队列的1098个公共数据集包括 TCGA, ICGC, TARGET, GTEx, CCLE等都进行了标准化处理。因此...
好用的TCGA分析工具:UCSC XenaTCGA应该是肿瘤数据最权威的来源之一,但是利用TCGA项目产生的数据进行分析上手难度是比较高的,但是有很多针对TCGA数据进行二次开发的衍生网站,UCSC Xena就是很直观强大的一个在线…
UCSC Xena是一个对TCGA数据进行二次开发的衍生网站,支持数据分析功能以及可视化,还收集了GTEx、ICGC、TARGET等多个数据库的公共数据,数据的下载和处理简单易上手。 小云今天就借这篇37+的高分文章和大家一起来学习一下吧!这项研究探讨了单个蛋白BNIP3的肿瘤预后分子机制。基于UCSC Xena下载的数据,利用R语言分析,对33...
关于UCSC XENA的网址是:http://xena.ucsc.edu/ 登陆到界面时候,我们点击Launch Xena即可登陆到UCSC XENA的分析界面。 2 分析工具基本操作 关于XENA的基本使用,在到了分析界面之后。我们需要做的只有两步:(i)选择想要分析的数据集;(ii)选择想要分析的变量。
1、UCSC-XENA网址 https://xena.ucsc.edu/ 人家的界面长这样: 黄色框框是官网给的如何使用该网址的教程。 红色框框是我们需要点击进入的界面。 2、点击launch Xena,出现下面的界面,那数据藏在哪里了呢? 3、点击DATA Sets 进入数据存储站,出现下面的界面 ...
UCSC Xena(https://xena.ucsc.edu/)是一个存储肿瘤多组学和表型数据集的资源库,这些数据集来自著名的癌症研究项目,如癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)、全基因组癌症分析项目(Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes,PCAWG)和癌症细胞系百科全书(Cancer Cell Line Encyclopedia,CCLE)(统称为TPC),以及来...
1、官方网址:https://xena.ucsc.edu/ 2、点击上图“Launch Xena”,进入下图 3、点击上图“DATA SETS”进入下图 4、上图左边是不同癌...
类似的机构其实还是 MD Anderson Cancer Center 和 UCSC,其中UCSC的XENA浏览器就把TCGA等公共数据整理的工工整整。官网链接是:https://xenabrowser.net/ 同理,我们并不想介绍网页工具的用法,虽然它确实很强大,选择好感兴趣的癌症的数据集,输入基因或者临床信息,就可以看表达量差异以及分组后的生存分析图表。我们更...