UCSC Xena是由加州大学圣克鲁兹分校(University Of Cingifornia Sisha Cruz,UCSC)维护的数据库,前身是癌症基因组浏览器Cancer Browser ,虽然其目前已经不再更新,但其中的RNA-Seq数据仍然具有潜在价值,可供我们进行生信分析。 ⏩此节就让我们一起来学习一下如何从UCSC Xena下载转录组数据。 一、从UCEC数据库提取并下...
UCSC Xena是一个癌症基因组学数据分析平台,支持对癌症样本的多种组学数据进行可视化和分析,网址如下 https://xenabrowser.net/ 该平台内置了一些公共数据集,比如来自TCGA, ICGC等大型癌症研究项目的数据,不仅可以对数据进行分析,而且还提供了对应文件的下载功能。同时还支持对自己的数据进行分析,而且保证了数据的安全性...
UCSCXenaShiny 是诗翔在 19 年通过 Openbiox 发起的项目(地址:https://github.com/openbiox/UCSCXenaShiny),用于下载和可视化分析著名癌症数据库 UCSC Xenahttps://xenabrowser.net/datapages/。目前已经有上万次的下载安装,统计有超过 4 万行代码。 它既是一个 R 包,也是一个 Shiny 应用。我们以 Shiny 应用...
好用的TCGA分析工具:UCSC XenaTCGA应该是肿瘤数据最权威的来源之一,但是利用TCGA项目产生的数据进行分析上手难度是比较高的,但是有很多针对TCGA数据进行二次开发的衍生网站,UCSC Xena就是很直观强大的一个在线…
关于UCSC XENA的网址是:http://xena.ucsc.edu/ 登陆到界面时候,我们点击Launch Xena即可登陆到UCSC XENA的分析界面。 2 分析工具基本操作 关于XENA的基本使用,在到了分析界面之后。我们需要做的只有两步:(i)选择想要分析的数据集;(ii)选择想要分析的变量。
类似的机构其实还是 MD Anderson Cancer Center 和 UCSC,其中UCSC的XENA浏览器就把TCGA等公共数据整理的工工整整。官网链接是:https://xenabrowser.net/ 同理,我们并不想介绍网页工具的用法,虽然它确实很强大,选择好感兴趣的癌症的数据集,输入基因或者临床信息,就可以看表达量差异以及分组后的生存分析图表。我们更...
UCSC XENA进一步分析 1. 选择合适的数据集 在XENA当中。我们要做的第一步就是选择目标癌种,我们可以在数据集选择的界面输入关键词就可以获得相关的数据集了。 2. 选择基因相关的表达信息 由于我们要对基因表达进行分析。所以第一步就是放置基因相关的表达信息。在XENA里面,对于多基因的表达信息提取,有两种方式: ...
关于UCSC XENA的网址是:http://xena.ucsc.edu/ 登陆到界面时候,我们点击Launch Xena即可登陆到UCSC XENA的分析界面。 2 分析工具基本操作 关于XENA的基本使用,在到了分析界面之后。我们需要做的只有两步:(i)选择想要分析的数据集;(ii)选择想要分析的变量。
共表达分析：研究两个基因在特定肿瘤中的共表达情况。设置肿瘤类型、样本类型、两个基因的表达数据，生成共表达情况分析图表，通过设置x、y轴分别表示两个基因的表达量，展示两个基因的共表达情况，并使用Pearson或Spearman检验方法得出p值。UCSC Xena提供丰富的功能，适用于多种研究场景。除此之外，网站还...
1、官方网址:https://xena.ucsc.edu/ 2、点击上图“Launch Xena”,进入下图 3、点击上图“DATA SETS”进入下图 4、上图左边是不同癌...