UCSC Xena是由加州大学圣克鲁兹分校(University Of Cingifornia Sisha Cruz,UCSC)维护的数据库,前身是癌症基因组浏览器Cancer Browser ,虽然其目前已经不再更新,但其中的RNA-Seq数据仍然具有潜在价值,可供我们进行生信分析。 ⏩此节就让我们一起来学习一下如何从UCSC Xena下载转录组数据。 一、从UCEC数据库提取并下...
也可以在本地安装UCSC基因组浏览器,用于测序数据可视化 (三) - UCSC genomebrowser。 然后就是隆重出场的UCSC Xena了。 UCSC Xena功能基因组浏览器是集分析、可视化、Galaxy与一体的新一代在线数据分析和可视化平台。现有91个队列的1098个公共数据集包括 TCGA, ICGC, TARGET, GTEx, CCLE等都进行了标准化处理。因此...
这个UCSCXenaTools包自带了一个表格,是XenaData,可以看到: 代码语言:javascript 复制 library(UCSCXenaTools)data(XenaData)>dim(XenaData)[1]167517>as.data.frame(tail(sort(table(XenaData$XenaCohorts)))Var1 Freq1TCGARectalCancer(READ)252PCAWG(donor centric)263TCGAEndometrioidCancer(UCEC)264PCAWG(specimen ...
GDC hub和TCGA Hub中能下载的数据不同,适用场景也不同。 ① GDC hub:提供的RNA-seq数据下载包括了3种类别: GDC TCGA COAD RNA-seq数据下载 ② TCGA Hub:提供的RNA-seq数据下载包括了4种类别: 官方答疑文档for data in UCSC Xena TCGA COAD RNA-seq数据下载引用...
UCSC Xena数据库提供TCGA数据，包含GDC Hub（GDC TCGA COAD）与TCGA hub（TCGA COAD）两个来源。它们之间的主要区别在于数据更新时间和可下载数据种类。更新时间方面，GDC Hub的版本为2019年7月19日，与TCGA官方数据更新至2019年7月8日的v18.0版本相匹配。而TCGA hub的版本为2017年10月13日，对应TCGA...
UCSC Xena是一个对TCGA数据进行二次开发的衍生网站,支持数据分析功能以及可视化,还收集了GTEx、ICGC、TARGET等多个数据库的公共数据,数据的下载和处理简单易上手。小伙伴可以点击http://xena.ucsc.edu/去看看哟! 小云今天就借这篇37+的高分文章和大家一起来学习一下吧!这项研究探讨了单个蛋白BNIP3的肿瘤预后分子机...
先来简单介绍一下UCSC xena浏览器 通过网址： xenabrowser.net/datapag... 进入UCSC xena数据存储中心，可以看到各种各样的数据：而UCSC xena里TCGA的数据有两个来源，一个是TCGA hub的数据，另一个是GDC TCGA的数据：推荐使用GDC TCGA下载表达谱，因为TCGA hub的数据是经过处理后的数据，能否直接用 ...
关于XENA的基本使用,在到了分析界面之后。我们需要做的只有两步:(i)选择想要分析的数据集;(ii)选择想要分析的变量。 2.1 数据集选择 在UCSC XENA里面储存了多个关于大型的公共数据集,包括TCGA、GETx以及target等等……关于具体有什么数据集。我们在后面数据下载的时候进行介绍。这里数据集选择的时候,我们只需要数据关...
通过网址:https://xenabrowser.net/datapages/进入UCSC xena数据存储中心,可以看到各种各样的数据: 而UCSC xena里TCGA的数据有两个来源,一个是TCGA hub的数据,另一个是GDC TCGA的数据: 推荐使用GDC TCGA下载表达谱,因为TCGA hub的数据是经过处理...
TCGA是肿瘤数据权威来源之一，但其数据分析上手难度较高。为解决这一问题，衍生网站UCSC Xena应运而生，提供直观且强大的在线分析工具。UCSC Xena网站（xena.ucsc.edu/）提供了丰富且多参数分类的数据，主要分为Genomic和Phenotypic两大类。Genomic类包括基因拷贝数、RNAseq测序丰度、体细胞突变、DNA甲基化等...