UCSC Xena是由加州大学圣克鲁兹分校(University Of Cingifornia Sisha Cruz,UCSC)维护的数据库,前身是癌症基因组浏览器Cancer Browser ,虽然其目前已经不再更新,但其中的RNA-Seq数据仍然具有潜在价值,可供我们进行生信分析。 ⏩此节就让我们一起来学习一下如何从UCSC Xena下载转录组数据。 一、从UCEC数据库提取并下...
1. UCSC网址订制 网址:https://xenabrowser.net/ 2.选择DATA SETS ,出现所有数据集。 3.选择Pan-Cancer (PANCAN) (41datasets),得到所有信息。 4.各种数据下载(包括表达量,临床信息,突变信息等)。 TPM下载: wget https://toil-xena-hub.s3.us-east-1.amazonaws.com/download/tcga_RSEM_gene_tpm.gz 下...
今天在利用UCSC数据时出现数据下载不了的情况,今天通过学习掌握了通过UCSC下载TCGA数据,下载步骤如下: 1.UCSC网址网址:xenabrowser.net/ 2. 选择DATA SETS ,出现所有数据集。 3. 选择Pan-Cancer (PANCAN) (41datasets),得到所有信息。 4. 各种数据下载(包括表达量,临床信息,突变信息等) TPM下载: wget toil-xe...
UCSC Xena数据库整合了TCGA,IGGC,GTEX等数据库数据;相对于TCGA数据库来说,从UCSC Xena下载数据对新手更加友好,以后的学习过程更多的以专栏的形式发布在b站上。研三了,头发数量-10086,希望明年的时候我已经是博士了吧,哈哈,为自己加油! 知识 野生技能协会 ...
Begin by navigating to the UCSC Xena website, xena.ucsc.edu/. Proceed to the DATA SETS section to access the data collection interface. Select the disease of interest and the data type, in this case, the TCGA UCEC transcriptome dataset for endometrial cancer. Download the required...
首先，访问UCSC xena（xenabrowser.net/datapag...），选择GDCTCGA HNSC，查看包含表达数据、临床信息和生存信息等。然后，利用R语言进行处理：模块一. 表达数据ID注释与分组识别：1.1 读取表达量数据。1.2 从UCSC下载gencode.v22.annotation.gene.probeMap。1.3 转换ID，处理TCGA_gset gene中的重复...
UCSC xena 数据库可以下载TCGA、TARGET等数据,非常便捷,下载后的数据需要用R进行一些处理: 一. 表达数据的ID转换,并识别对照组(Normal)和肿瘤组(Tumor); 二. 注释区分mRNA,lncRNA和miRNA; 三. 临床信息与生存信息整合,并与表达数据排序匹配。 本文展示GDC TCGA HNSC下载及处理的步骤。
网址:https://xenabrowser.net/ 2.选择DATA SETS ,出现所有数据集。 3.选择Pan-Cancer (PANCAN) (41datasets),得到所有信息。 4.各种数据下载(包括表达量,临床信息,突变信息等)。 TPM下载: wget https://toil-xena-hub.s3.us-east-1.amazonaws.com/download/tcga_RSEM_gene_tpm.gz ...
网址:https://xenabrowser.net/ 2.选择DATA SETS ,出现所有数据集。 3.选择Pan-Cancer (PANCAN) (41datasets),得到所有信息。 4.各种数据下载(包括表达量,临床信息,突变信息等)。 TPM下载: wget https://toil-xena-hub.s3.us-east-1.amazonaws.com/download/tcga_RSEM_gene_tpm.gz下载phenotypewget https...
今天在利用UCSC数据时出现数据下载不了的情况,今天通过学习掌握了通过UCSC下载TCGA数据,下载步骤如下: 1.UCSC网址网址:xenabrowser.net/ 2. 选择DATA SETS ,出现所有数据集。 3. 选择Pan-Cancer (PANCAN) (41datasets),得到所有信息。 4. 各种数据下载(包括表达量,临床信息,突变信息等) TPM下载: wget toil-xe...