TPM下载: wget https://toil-xena-hub.s3.us-east-1.amazonaws.com/download/tcga_RSEM_gene_tpm.gz 下载phenotype wget https://tcga-pancan-atlas-hub.s3.us-east-1.amazonaws.com/download/TCGA_phenotype_denseDataOnlyDownload.tsv.gz 下载分期 wget https://tcga-pancan-atlas-hub.s3.us-east-1.am...
今天在利用UCSC数据时出现数据下载不了的情况,今天通过学习掌握了通过UCSC下载TCGA数据,下载步骤如下: 1.UCSC网址网址:xenabrowser.net/ 2. 选择DATA SETS ,出现所有数据集。 3. 选择Pan-Cancer (PANCAN) (41datasets),得到所有信息。 4. 各种数据下载(包括表达量,临床信息,突变信息等) TPM下载: wget toil-xe...
也可以直接通过下面链接直达:https://xenabrowser.net/datapages/ 往下拉,就可以看见TCGA的数据集。 我随便选择一个, GDC TCGA Lung Adenocarcinoma (LUAD),我们进去就可以看到各种数据。 比如选择RNASeq是数据 就可以看见数据的详细信息,在download处的链接就可以下载数据了。这里的FPKM数据进行了log2(fpkm+1)转换...
一、从UCEC数据库提取并下载转录组数据: ✅ 打开我们的UCEC网址:xena.ucsc.edu/ ✅ 点击DATA SETS跳转到数据合集界面 ✅ 选取我们需要下载的病种以及数据类型(这里我们以下载TCGA UCEC子宫内膜癌RNA-Seq为例) ✅我们点击这两个地方下载我们需要的数据,并设置好目录以防在R语言里读取出错 ✅最后我们一共获...
UCSC xena数据库对TCGA临床数据进行了整理,如果需要TCGA肿瘤全部的临床信息,可以通过UCSC xena网站进行下载。以下是详细的步骤: 1.打开浏览器,复制网址:https://xena.ucsc.edu/,进入UCSC xena主页。 2. 进入UCSC xena主页后,点击下图的”Launch Xena”按钮。
本帖内容被屏蔽
先来简单介绍一下UCSC xena浏览器 通过网址： xenabrowser.net/datapag... 进入UCSC xena数据存储中心，可以看到各种各样的数据：而UCSC xena里TCGA的数据有两个来源，一个是TCGA hub的数据，另一个是GDC TCGA的数据：推荐使用GDC TCGA下载表达谱，因为TCGA hub的数据是经过处理后的数据，能否直接用 ...
可以看到,就是表达量文件稍微大一点而已,几分钟就下载好了。 癌症种类列表如下: GDC TCGA Acute Myeloid Leukemia (LAML) GDC TCGA Adrenocortical Cancer (ACC) GDC TCGA Bile Duct Cancer (CHOL) GDC TCGA Bladder Cancer (BLCA) GDC TCGA Breast Cancer (BRCA) ...
所以你没必要进 入页面一个个下载了,只需要按照规律来构建好下载 url 即可。 看规律 1. https://gdc.xenahubs.net/download/TCGALAML/Xena_Matrices/TCGA-LAML.htseq_counts.tsv.gz 2. https://gdc.xenahubs.net/download/TCGAACC/Xena_Matrices/TCGA-ACC.htseq_counts.tsv.gz 3. https://gdc.xena...
或许你早已听过他的大名,或许你初入TCGA的江湖,初闻该名,不过一切都不算晚,今天我们就轻轻的点击鼠标,实现我们的数据下载梦。 UCSC-XENA网址 https://xena.ucsc.edu/ 人家的界面长这样: 黄色框框是官网给的如何使用该网址的教程。 红色框框是我们需要点击进入的界面。