UCSC Table Browser可从基因组数据库(如refseq、ensemble等)下载数据,用户输入表格参数后,点击提交既可以批量得到所需要的基因bed文件和转录本序列等。本文将通过实际例子介绍怎么通过UCSC Table Browser下载基因的bed文件和转录本序列。 进入UCSC主页(http://genome.ucsc.edu/),点击菜单栏上的Tools -> Table Browser进...
UCSC Genome Browser由加州大学圣克鲁兹分校 （UCSC） 于2000年开发创立，与NCBI、Ensembl并称基因组研究三大宝库, 可用于基因信息检索、查看基因组注释、PCR引物验证、序列比对等。进入官网https://genome.ucsc.edu/（图1），最常用的功能是交互式可视化基因数据，点击页面中的Genome Browser会出现图2的文本框，点击第...
设置完成后点击"get BED"按钮,就得到了dbSNP rs号在基因组上的坐标信息。 至此,我们演示了如何利用UCSC Table Browser提取dbSNP rs号在基因组上的坐标信息,提取过程中有很多参数可以设置,在实际的操作过程中,用户可以根据自己需求进行不同的尝试。下一期,我们将介绍如何通过UCSC Table Browser下载基因的bed文件和转录本...
UCSC Genome Browser由加州大学圣克鲁兹分校 (UCSC) 于2000年开发创立,与NCBI、Ensembl并称基因组研究三大宝库, 可用于基因信息检索、查看基因组注释、PCR引物验证、序列比对等。 进入官网https://genome.ucsc.edu/(图1),最常用的功能是交互式可视化基因数据,点击页面中的Genome Browser会出现图2的文本框,点击第一个...
进入UCSC主页(http://genome.ucsc.edu/),点击菜单栏上的Tools -> Table Browser进入Table Browser页面。 主要步骤: 1. Select dataset-选择适当的数据库。在 "clade" 下拉菜单中选择所需的生物类群(如哺乳动物),在 "genome" 下拉菜单中选择感兴趣的物种基因组,这里选择Human物种,在"assembly"下拉菜单中选择物种...
这是从UCSC browser上可视化数据然后截图下来的,我们可以将数据传到UCSC上,制作自己的track hubs,然后选择我们想看的区域截图就可以了。 1.Track Hubs的介绍 简单来说,track hubs相当于在UCSC browser上的一个可网络共享的一个基因组可视化工具。 在UCSC的页面选择track hubs,即可进入页面: ...
UCSC Cell Browser简介 首先一打开,就是一个非常简单的界面,让你可以选择并查看cell browse的数据集 导航栏是五个条目:File、Edit、View、Tools和Help 当我们直接打开网站你可能会看到数据集的介绍页面,然后发现哎,导航条是点不了的(我说我之前怎么觉得这个网站是挂掉了的) 这时候你只需要点击网页右上角的X,关掉...
进入UCSC主页(http://genome.ucsc.edu/),点击菜单栏上的Tools -> Table Browser进入Table Browser页面。 主要步骤: 1. Select dataset-选择适当的数据库。 在"clade" 下拉菜单中选择所需的生物类群(如哺乳动物),在 "genome" 下拉菜单中选择感兴趣的物种基因组,这里选择Human物种,在"assembly"下拉菜单中选择物种...
进入UCSC主页(http://genome.ucsc.edu/),点击菜单栏上的Tools -> Table Browser进入Table Browser页面。 主要步骤: 1. Select dataset-选择适当的数据库。 在"clade" 下拉菜单中选择所需的生物类群(如哺乳动物),在 "genome" 下拉菜单中选择感兴趣的物种基因组,这里选择Human物种,在"assembly"下拉菜单中选择物种...