U—box家族的泛素连接酶E3是真核细胞蛋白质翻译后质量控制所必需的。此类蛋白质的c端都包含一个大约70个氨基酸残基的从酵母菌到人类具保守性的U—box结构域,U—box的三维结构类似于RING结构域家族泛素连接酶E3s的RING结构域,是此类型的泛素连接酶酶活性所必需的。U—box蛋白家族的泛素连接酶E3开始被认为是一个多...
这部分内容涉及玉米中U-box蛋白的功能性结构域分析。通过SMART和Pfam数据库的查询,发现U-box蛋白包含几个已知或未知的保守结构域,这些结构域对于功能性至关重要。一些U-box蛋白除了U-box外没有其他明显的交互结构域,或者只有少数几个功能不确定的结构域,这些被统一归类为“未知”。在85个U-box蛋白家族中,37个基因...
(1)首先以拟南芥中已经鉴定出的64个U-box基因家族成员的蛋白序列在克里曼丁蛋白质组数据库进行在线BLAST搜索;(2)同时在Pfam数据库(http://pfam.xfam.org/)中下载所有物种U-box结构域序列(PF04564),利用Hmmer2.3.2(http://hmmer.janelia.org/)构建隐马氏模型,在Phytozome的克里曼丁蛋白数据库中搜索含有U-box结...
真核生物基因组中尤其是植物中广泛存在着U-Box结构.U-Box结构高度保守,其构象与RING-finger极其相似,这两者都能发挥泛素连接酶E3的作用,促进底物蛋白质泛素化降解,对细胞内异常蛋白质的降解及质量控制方面发挥着重要的作用.本文通过全面的计算分析从水稻中确定了77个U-box基因,并对这类基因家族进行了一个完整的概述...
亚细胞定位预测结果显示该基因家族成员位于细胞不同位置,主要位于细胞核或叶绿体,少数位于质膜;聚类分析发现,柑橘U-box与单子叶植物水稻的亲缘关系较远,柑橘中具有相同结构域的成员和拟南芥具有相同结构域的成员聚在一起,表明柑橘U-box成员具有不同生物学功能;Scaffold定位分析发现,56个U-box成员分布在1—9 Scafflod...
U~box 家族成员的鉴 定和 理化性质分析 通过 BLAST 比对搜索ꎬ 并利用 SMART 和 Batch CD~Search 网站ꎬ去除无典型 U~box 结构域的 序列ꎬ最终鉴定得到小立碗藓 U~box 家族共有 31 个成员ꎬ如表 2 所示ꎬ小立碗藓 U~box 家族成员中ꎬ 蛋白的 分子量差异较大ꎮ PpPUB30 有1 036 个氨基酸...
结构域由大约 70 个氨基酸 组成,该结构域在真菌、植物和动物等真核生物中高度保守。在目前已鉴定出的真核生物 Ubox 蛋白中,植物 U box ( plantUboxprotein , PUB )蛋白的数目远远多于其他生物 [3] 。如酵母中有 2 个 Ubox 基因,在人中有 21 个 Ubox 基因 [4,7,9] ,而经基因组序列分析预测,拟南芥基因...
U-box结构域是一种特殊的蛋白质结构域,它可以与其他蛋白质发生相互作用,调控小麦的生理过程。 U-box结构域是由一段特定的氨基酸序列组成的,这个序列可以在小麦的基因组中找到。通过分析这个序列,科学家们发现U-box结构域可以与其他蛋白质结构域相互作用,从而调控小麦的生长和发育。 在小麦的生长过程中,U-box结构...
雷蒙德氏棉生物信息学分析基因家族摘要:PUBs蛋白调控了作物的生长发育及响应非生物胁迫和生物胁迫的过程。为探讨棉花中U-box类型泛素连接酶家族,本研究利用生物信息学方法分析了二倍体雷蒙德氏棉中PUBs的数目、进化、基因结构、结构域分布及基因表达模式。结果表明,雷蒙德氏棉中有93个Gr PUBs基因家族成员,基因长度为1 ...
柑橘U-box 基因家族的鉴定及表达分析 李秋月 1,张亚飞 1,彭洁 1,王旭 1,张志强 1,戴祥生 3,江东 1,2 【摘要】摘要:【目的】通过生物信息学分析 U-box 在柑橘基因组中的分布、 结构及进化,研究家族成员在不同组织中的表达特异性以及对非生物胁迫和激 素的响应,解析柑橘 U-box 基因家族的生物学功能。【...