FUSION是一款进行TWAS分析的软件,对应的文章发表在nature genetic上,链接如下 https://www.nature.com/articles/ng.3506 软件的官网如下 http://gusevlab.org/projects/fusion/ 该软件同时支持对单个样本和多个样本的gwas cohort中的样本进行基因型填充,对应的流程图如下 首先对reference panel中进行建模,对于每个基因,...
将使用PGC精神分裂症的gwas summary数据对GTEx全血数据进行TWAS。 wget https://data.broadinstitute.org/alkesgroup/FUSION/SUM/PGC2.SCZ.sumstats mkdirWEIGHTScdWEIGHTSwget https://data.broadinstitute.org/alkesgroup/FUSION/WGT/GTEx.Whole_Blood.tar.bz2 tar xjfGTEx.Whole_Blood.tar.bz2 输入文件一:GWAS su...
解决方法:conda install scipy 安装Fusion依赖plink2R plink2R有个问题就是plink2R无法在R3.6.1以上的版本中安装,并且此软件也不打算更新,而安装GitHub软件用到的R包devtools只能在R3.6.1以上的版本中运行!!! 之前有人对plink2R进行了改进,使得plink2R可以在R3.6.1以上版本中运行,可以使用下面的方法进行安装: ...
FUSION是一款进行TWAS分析的软件,对应的文章发表在nature genetic上,链接如下 https://www.nature.com/articles/ng.3506 软件的官网如下 http://gusevlab.org/projects/fusion/ 该软件同时支持对单个样本和多个样本的gwas cohort中的样本进行基因型填充,对应的流程图如下 首先对reference...
02 TWAS/Fusion建立预测模型 TWAS的全称为全转录组关联研究,思路为基于小样本人群的基因分型及转录组测序信息,拟合基因表达量与基因型之间的关系,通过该模型估算基于大样本的GWAS数据的基因型调控的基因表达水平。作者选择TwinsUK队列中881名受试者的数据集作为小样本人群,应用TWAS/Fusion模型估算代谢物水平预测模型。通...
使用FUSION进行TWAS分析首先对referencepanel中进行建模对于每个基因筛选对应的cissnp即在该基因上下游1mb范围内的snp位点通过不同的模型构建cissnps和对应的gene之间的关系接下来对gwascohort中的样本进行填充如上图中a所示对于单个样本根据其cissnps的基因分析结果预测对应基因的表达量然后与表型性状进行关联分析 使用FUSION...
FUSION是一款进行TWAS分析的软件,对应的文章发表在nature genetic上,链接如下 https://www./articles/ng.3506 软件的官网如下 http:///projects/fusion/ 该软件同时支持对单个样本和多个样本的gwas cohort中的样本进行基因型填充,对应的流程图如下 首先对reference panel中进行建模,对于每个基因,筛选对应的cis-snp, 即...
TWAS-hub有很大的局限性，因为它只实现了一个TWAS软件包(TWAS-FUSION)，只包含342种疾病/非疾病特征，并且自2018年9月以来一直没有更新。第二，TWAS的性能在很大程度上取决于选择适当的因果（疾病相关）组织作为参考板，因为GReX对特定疾病具有高度的组织特异性。目前许多TWAS研究任意选择了一个参考组织，如“全血”...
webTWAS的在线TWAS分析组件是两个流行TWAS软件包(PrediXcan/s-PrediXcan和TWASFUSION)的基于web的服务器实现,用于运行TWAS分析和识别重要的疾病相关基因。这个网络服务器有一个易于使用的界面,可以自由访问,不需要登录,并且使用户能够进行高度定制化的数据分析,而不需要生物信息学技能或TWAS软件的先前经验。在线分析包括四个...
FUSION是一款进行TWAS分析的软件,对应的文章发表在nature genetic上,链接如下 https://www.nature.com/articles/ng.3506 软件的官网如下 http://gusevlab.org/projects/fusion/ 该软件同时支持对单个样本和多个样本的gwas cohort中的样本进行基因型填充,对应的流程图如下 ...